路径评分与正向组装:把逆合成步骤序列翻转为生物合成方向的步骤列表, 并按热力学 / 酶可得性 / 路径长度给出全局分。
Scoring
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Search.Scoring
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Sigmoid | 1 | Logistic 函数(数值稳定版),用于把 ΔG 映射成 (0,1) 的热力学得分。 |
| ScorePath | 1 | 对一条完整逆合成路径评分:汇总各步 ΔG,计算热力学 / 酶可得性 / 长度三项分与全局分。 |
| AssembleForward | 1 | 正向组装:把逆合成步骤序列反转,每步翻转方向,得到"汇前体 → 目标"的生物合成顺序。 |
03 Members
Sigmoid(
Double)Logistic 函数(数值稳定版),用于把 ΔG 映射成 (0,1) 的热力学得分。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
x | Double | 自变量。 |
Returns
1 / (1 + e^(−x));|x| > 35 时直接返回 0 或 1,避免溢出。
ScorePath(SearchState, ScoreWeights)
对一条完整逆合成路径评分:汇总各步 ΔG,计算热力学 / 酶可得性 / 长度三项分与全局分。
Remarks
全局分 = w.Thermo × 热力学 + w.Enzyme × 酶可得性 + w.Length × 长度。 FBA 通量未纳入(需 GEM 模型,见 readme.md §5 已知边界)。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
state | SearchState | 已完成(SearchState.Pending 为空)的搜索状态。 |
w | ScoreWeights | 三项指标的加权系数。 |
Returns
该路径的评分明细。
AssembleForward(SearchState)
正向组装:把逆合成步骤序列反转,每步翻转方向,得到"汇前体 → 目标"的生物合成顺序。
Remarks
每步的 Substrates = 该逆合成步得到的前体(彼此为共底物关系,主前体在前), Products = 被分解的化合物本身。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
state | SearchState | 已完成的搜索状态。 |
Returns
正向步骤列表,每步含底物/产物 SMILES、ΔG 与酶层级。