逆向路径搜索的运行参数。
SearchOptions
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Search.SearchOptions
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| EffectiveParallelism | 1 | 展开阶段实际使用的并行度(把 0/负数解析为处理器核数)。 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Strategy | 2 | 搜索策略:beam 束搜索(每层保留得分最高的若干状态), dfs 深度优先(等价于束宽 1 的单路径枚举)。 |
| BeamWidth | 2 | 束宽:每层最多保留多少个候选状态。越大召回越高、耗时越长。 |
| MaxDepth | 2 | 最大搜索深度,即路径最多允许的反应步数。 |
| MaxPaths | 2 | 收集到多少条完整路径后提前停止搜索。 |
| MatchLimit | 2 | 单条规则在单个分子上最多枚举多少个匹配位置,用于抑制组合爆炸。 |
| MaxDegreeOfParallelism | 2 | 束搜索展开阶段的并行度:0 或负数 = 取 Environment.ProcessorCount; 1 = 完全串行(便于回归对比、排查,或资源受限环境降级)。 |
| MinParallelUnits | 2 | 少于这个工作单元数时直接串行展开:任务调度开销会超过并行收益 (典型情形是搜索第 1 层只有 1 个状态)。 |
04 Members
EffectiveParallelism
展开阶段实际使用的并行度(把 0/负数解析为处理器核数)。
Strategy
搜索策略:beam 束搜索(每层保留得分最高的若干状态), dfs 深度优先(等价于束宽 1 的单路径枚举)。
BeamWidth
束宽:每层最多保留多少个候选状态。越大召回越高、耗时越长。
MaxDepth
最大搜索深度,即路径最多允许的反应步数。
MaxPaths
收集到多少条完整路径后提前停止搜索。
MatchLimit
单条规则在单个分子上最多枚举多少个匹配位置,用于抑制组合爆炸。
MaxDegreeOfParallelism
束搜索展开阶段的并行度:0 或负数 = 取 Environment.ProcessorCount; 1 = 完全串行(便于回归对比、排查,或资源受限环境降级)。
Remarks
并行只改变吞吐、不改变结果:展开按「状态序 → 待分解物序 → 规则序」分块并行, 产出的状态按序号有序归并后再去重与剪枝,因此与串行版本逐位一致。
MinParallelUnits
少于这个工作单元数时直接串行展开:任务调度开销会超过并行收益 (典型情形是搜索第 1 层只有 1 个状态)。
Strategy
BeamWidth
MaxDepth
MaxPaths
MatchLimit
MaxDegreeOfParallelism
MinParallelUnits