反应规则库:内置广义规则 + 用户 TSV 扩展。
RuleLibrary
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Search.RuleLibrary
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| BuiltinRules | 1 | 内置规则库:9 条核心酶促变换(氧化还原 / 转氨 / 醛缩 / 脱羧 / 水合 / 磷酸化 / 酯水解 / Claisen / 互变异构)。 |
| CurrencySmiles | 1 | 货币/辅底物 SMILES:规则应用产生的这类碎片不计入前体,直接视为"底盘中天然存在"。 |
| LoadRulesTsv | 1 | 从 TSV 文件加载用户自定义规则(可随后追加到内置库之后)。 |
03 Members
BuiltinRules
内置规则库:9 条核心酶促变换(氧化还原 / 转氨 / 醛缩 / 脱羧 / 水合 / 磷酸化 / 酯水解 / Claisen / 互变异构)。
Remarks
规则由酶催化的化学逻辑抽象而来,不绑定具体底物,因此可作用于任何含有相同 反应中心的分子。ΔG 为启发式基团贡献代理值,酶层级为 1=常见 EC 家族 / 2=一般 / 3=特化。
Returns
内置 Rule 列表(每次调用返回新实例)。
CurrencySmiles
货币/辅底物 SMILES:规则应用产生的这类碎片不计入前体,直接视为"底盘中天然存在"。
Returns
SMILES 列表(默认含水、二氧化碳、氨、硫化氢、磷酸)。
LoadRulesTsv(
String)从 TSV 文件加载用户自定义规则(可随后追加到内置库之后)。
Remarks
每行格式(制表符分隔): id <TAB> name <TAB> dG <TAB> tier <TAB> reversible <TAB> reactant <TAB> product; 以 # 开头或空行视为注释。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
path | String | TSV 文件路径。 |
Returns
解析得到的规则列表;格式非法的行被静默跳过。