nuget
一条广义反应规则：(反应物模式, 产物模式, ΔG, 酶层级)。
Rule
00 Remarks
规则不绑定具体底物，只描述"反应中心发生了什么化学变换"——这正是它能组合出自然界 尚不存在的反应序列的原因。两侧模式通过原子类号（:n）建立原子映射。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem.Rule
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| .ctor | 1 | 构造一条反应规则；两侧模式字符串会在此处被立即解析，非法模式会抛异常。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ForwardPlan | 1 | 正向（反应物模式 → 产物模式）的预计算拓扑；构造期算一次，之后只读共享。 |
| ReversePlan | 1 | 逆向（产物模式 → 反应物模式）的预计算拓扑；构造期算一次，之后只读共享。 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Id | 2 | 规则唯一标识（内置规则如 "R001"，数据库挖掘规则用反应 ID）。 |
| Name | 2 | 规则的可读名称（如"醇脱氢酶（氧化/还原）"）。 |
| ReactantText | 2 | 反应物侧模式的原始文本（SMARTS 子集）。 |
| ProductText | 2 | 产物侧模式的原始文本（SMARTS 子集）。 |
| Reactant | 2 | 反应物侧已解析的模式对象。 |
| Product | 2 | 产物侧已解析的模式对象。 |
| DeltaG | 2 | 正向（反应物 → 产物）的标准吉布斯自由能变（kJ/mol，启发式基团贡献代理值）。 |
| EnzymeTier | 2 | 1=常见酶家族 2=一般 3=特化，见 EnzymeTiers。 |
| Reversible | 2 | 该反应在生理条件下是否可逆。 |
05 Members
构造一条反应规则；两侧模式字符串会在此处被立即解析，非法模式会抛异常。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
id | String | 规则唯一标识。 |
name | String | 规则名称。 |
reactantSmarts | String | 反应物侧模式串。 |
productSmarts | String | 产物侧模式串。 |
dg | Double | 正向 ΔG（kJ/mol）。 |
tier | EnzymeTiers | 酶可得性层级。 |
reversible | Boolean | 是否可逆。 |
ForwardPlan
正向（反应物模式 → 产物模式）的预计算拓扑；构造期算一次，之后只读共享。
ReversePlan
逆向（产物模式 → 反应物模式）的预计算拓扑；构造期算一次，之后只读共享。
Id
规则唯一标识（内置规则如 "R001"，数据库挖掘规则用反应 ID）。
Name
规则的可读名称（如"醇脱氢酶（氧化/还原）"）。
ReactantText
反应物侧模式的原始文本（SMARTS 子集）。
ProductText
产物侧模式的原始文本（SMARTS 子集）。
Reactant
反应物侧已解析的模式对象。
Product
产物侧已解析的模式对象。
DeltaG
正向（反应物 → 产物）的标准吉布斯自由能变（kJ/mol，启发式基团贡献代理值）。
EnzymeTier
1=常见酶家族 2=一般 3=特化，见 EnzymeTiers。
Reversible
该反应在生理条件下是否可逆。
Id
Name
ReactantText
ProductText
Reactant
Product
DeltaG
EnzymeTier
Reversible