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API Docs / SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath / SmilesWriter

SmilesWriter

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem.SmilesWriter Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath Members 9

SMILES 写出器:封装一次确定性 DFS 写出所需的全部可变状态。

00 Remarks

直接使用者应优先调用 SmilesIO.Write();本类暴露出来是为了 需要复用写出状态或做自定义写法的场景。写出顺序由 Molecule.MorganRanks() 决定,因此结果确定、可重现。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem.SmilesWriter

02 Methods

NameOverloadsSummary
.ctor 1 以给定分子初始化写出器(会预先计算 Morgan 秩)。
Write 1 执行写出:逐连通分量做确定性 DFS,分量之间以 .

03 Fields

NameOverloadsSummary
_m 1 待写出的分子。
_ranks 1 各原子的 Morgan 秩标签,用于确定 DFS 的邻居遍历顺序。
_sb 1 输出缓冲区。
_compSet 1 当前正在处理的连通分量的原子集合。
_emitted 1 当前分量中已经发射过的原子,避免同一原子被写出两次。
_ringDigits 1 原子 → 该原子上待输出的环闭合号列表 [(digit, order)];回边两端登记同一 digit
_ringEdgeKeys 1 DFS 回边端点对 (min, max):写出时不得作为树边遍历,仅由环号表达

04 Members

method .ctor #
#ctor(Molecule)

以给定分子初始化写出器(会预先计算 Morgan 秩)。

Parameters
NameTypeDescription
mMolecule

待写出的分子。

method Write #
Write

执行写出:逐连通分量做确定性 DFS,分量之间以 . 分隔。

Returns

规范 SMILES 字符串。

field _m #
_m

待写出的分子。

field _ranks #
_ranks

各原子的 Morgan 秩标签,用于确定 DFS 的邻居遍历顺序。

field _sb #
_sb

输出缓冲区。

field _compSet #
_compSet

当前正在处理的连通分量的原子集合。

field _emitted #
_emitted

当前分量中已经发射过的原子,避免同一原子被写出两次。

field _ringDigits #
_ringDigits

原子 → 该原子上待输出的环闭合号列表 [(digit, order)];回边两端登记同一 digit

field _ringEdgeKeys #
_ringEdgeKeys

DFS 回边端点对 (min, max):写出时不得作为树边遍历,仅由环号表达