SmilesIO

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem.SmilesIO Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath Members 3

SMILES 的输入/输出：一个"够用即可"的 SMILES 子集解析与确定性写出实现。

00 Remarks

解析支持：元素（双字母优先）、支链 ()、环闭合数字、键符 - = #、电价（[NH4+]、[O-]）、显式氢（[NH2]）、多组分 .。不支持：芳香小写记号（请改用 Kekulé 式）、@/@@ 与 / \ 立体标记、 %nn 多位环号、通配原子 *；元素表仅含 Cl、Br、Si、C、N、O、S、P、F、I、B、H。写出具备 roundtrip 性质：write → parse → 同一 Molecule.MolKey()。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.RetroPath.Chem.SmilesIO

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Parse	1	解析 SMILES 字符串，构造对应的分子图。
Write	1	以确定性 DFS（邻居按 Morgan 秩排序）写出 SMILES：支链括号化、环用数字闭合。

03 Fields

Name	Overloads	Summary
ElementsAlt	1	可解析的元素符号表；双字母元素排在单字母之前，保证 "Cl"/"Br"/"Si" 优先匹配。

04 Members

method Parse #

Parse(String)

解析 SMILES 字符串，构造对应的分子图。

Parameters

Name	Type	Description
`smiles`	`String`	待解析的 SMILES（须落在本模块支持的子集内）。

Returns

解析得到的 Molecule。

method Write #

Write(Molecule)

以确定性 DFS（邻居按 Morgan 秩排序）写出 SMILES：支链括号化、环用数字闭合。

Remarks

同一分子（含同构的不同写法）总是得到同一输出，因此可作为结构比较与去重的依据。

Parameters

Name	Type	Description
`m`	Molecule	待写出的分子；多组分分子各分量以 `.` 分隔。

Returns

规范 SMILES 字符串；空分子返回空串。

field ElementsAlt #

ElementsAlt

可解析的元素符号表；双字母元素排在单字母之前，保证 "Cl"/"Br"/"Si" 优先匹配。