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Smith-Waterman 局部比对的完整输出结果。
Output
00 Remarks
该对象是一个重量级结果容器:Output.DP 与 Output.Directions 均为按行包装的动态规划矩阵视图,其内存占用与 query*subject 成正比 (千级长度的蛋白序列比对即可达到数十 MB),并且这些行数组会进入大对象堆(LOH)。
特别注意 Output.Directions 的构建代价:它由方向矩阵(Integer)逐行 转换成 Double 数组,元素被放大到 8 字节;而 Output.DP 又是得分矩阵的 一份完整副本。也就是说单次比对会额外产生两份与 query*subject 等大的 Double 矩阵,与算法自身持有的矩阵叠加后内存放大到约三倍。
因此本类实现了 IDisposable:在批量/循环比对场景中,请使用 Using 语句或显式调用 Output.Dispose() 及时切断对矩阵的引用。 若只需要得分最高的一条比对结果,应改用轻量级接口 GSW.GetBestHSP(),它完全不会构建本对象。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.BestLocalAlignment.Output
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| CreateObject | 1 | |
| Dispose | 1 | 释放本对象所持有的动态规划矩阵引用。 |
| eraseMatrix | 1 | 逐行切断矩阵视图对底层行数组的引用。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Best | 1 | best chain, 但是不明白这个有什么用途 |
| HSP | 1 | 最佳的比对结果 |
| DP | 1 | Dynmaic programming matrix.(也可以看作为得分矩阵) |
| Directions | 1 | The directions pointing to the cells that give the maximum score at the current cell. |
04 Members
CreateObject``1(
GSW(Of ``0), Double, Int32)Type Parameters
| Name | Description |
|---|---|
T |
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
sw | GSW(Of ``0) | - |
threshold | Double | 0% - 100% |
Dispose(
Boolean)释放本对象所持有的动态规划矩阵引用。
Remarks
Output.DP / Output.Directions 的每一个元素都是一行矩阵数据的包装, 每行都是一个独立的 Double 数组,长度与序列长度同阶,足以进入大对象堆(LOH)。 这里先逐行置空,再释放外层数组,确保这些大数组在本对象被丢弃后可以立即被 GC 回收, 而不是滞留在大对象堆中造成常驻内存持续增长。
Output.Best / Output.Query / Output.Subject 属于小对象, 通常需要在 Dispose 之后继续使用(例如返回给调用方),因此不在此处清理。
eraseMatrix(
ArrayRow())逐行切断矩阵视图对底层行数组的引用。
Best
best chain, 但是不明白这个有什么用途
HSP
最佳的比对结果
DP
Dynmaic programming matrix.(也可以看作为得分矩阵)
Directions
The directions pointing to the cells that give the maximum score at the current cell. The first index is the column index. The second index is the row index.