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Smith-Waterman local alignment algorithm.
Design Note: this class implements AminoAcids interface: a simple fix customized to amino acids, since that is all we deal with in this class Supporting both DNA and Aminoacids, will require a more general design.
01 Syntax
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| .ctor | 1 | |
| GetOutput | 1 | |
| GetBestHSP | 1 | 轻量级路径:只取得分最高的一条 HSP。 |
| Align | 1 | Default using Blosum62 matrix. |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| blosum62 | 1 | 蛋白比对的矩阵 |
04 Members
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
query | String | - |
subject | String | - |
blosum | Blosum | If the matrix parameter is null, then the default build in blosum62 matrix will be used. |
Double, Int32)| Name | Type | Description |
|---|---|---|
cutoff | Double | 0%-100% |
Double, Int32)轻量级路径:只取得分最高的一条 HSP。
相比 SmithWaterman.GetOutput(),本方法不会构建 Output 对象, 从而避免复制整个动态规划得分矩阵、构建方向矩阵视图与回溯路径。 在需要对大量序列做两两比对的聚类流程中,应优先使用本方法: 完整的 Output 会产生与序列长度乘积成正比的大对象(进入 LOH), 在循环中反复分配会导致进程常驻内存不断攀升。
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
cutoff | Double | 0%-100%,收集 HSP 的得分阈值(占最高分的比例)。 |
minW | Int32 | 最短片段长度过滤;0 表示不限制。 |
得分最高的 HSP;若无满足条件的比对则返回 Nothing。
Default using Blosum62 matrix.
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
query | IPolymerSequenceModel | - |
subject | IPolymerSequenceModel | - |
blosum | Blosum | - |
蛋白比对的矩阵