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EValue
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceAlignment.EValue
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Compute | 1 | Karlin-Altschul 局部比对 E-value: E = K * m * n * exp(-lambda * S) |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| LambdaBlosum62 | 2 | BLOSUM62 的 λ 统计量(经验标定) |
| KBlosum62 | 2 | BLOSUM62 的 K 统计量(经验标定) |
04 Members
Compute(
Double, Int32, Int32, Double, Double)Karlin-Altschul 局部比对 E-value: E = K m n exp(-lambda S)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
rawScore | Double | 比对原始得分 S(如 HSP.score) |
m | Int32 | 查询/成员序列长度 |
n | Int32 | 数据库/中心序列长度 |
lambda | Double | λ 统计量(默认 BLOSUM62) |
K | Double | K 统计量(默认 BLOSUM62) |
Returns
E-value;边界异常时返回极大值(保证不误连边)
LambdaBlosum62
BLOSUM62 的 λ 统计量(经验标定)
KBlosum62
BLOSUM62 的 K 统计量(经验标定)
LambdaBlosum62
KBlosum62