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模糊匹配重复的序列片段
Repeats
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.SimilarityMatches.Repeats
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MatchLociLocations | 1 | 模糊匹配相似的位点在目标序列之上的位置 |
| doMatchLociLocations | 1 | |
| doGenerateSeeds | 1 | 生成和loci满足相似度匹配关系的序列的集合 |
| InvokeSearch | 1 |
03 Members
MatchLociLocations(
String, String, Int32, Int32, Double)模糊匹配相似的位点在目标序列之上的位置
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Sequence | String | - |
loci | String | - |
Min | Int32 | - |
Max | Int32 | - |
cutoff | Double | - |
doMatchLociLocations(
String, String())Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
sequence | String | - |
seeds | String() | 为了加快计算效率，事先所生成的种子缓存 |
doGenerateSeeds(
Char(), String, Double)生成和loci满足相似度匹配关系的序列的集合
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Chars | Char() | - |
loci | String | - |
Cutoff | Double | - |
InvokeSearch(
String, Int32, Int32, Double)Remarks
为了加快计算，首先生成种子，然后再对种子进行模糊匹配
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
SequenceData | String | - |
Min | Int32 | - |
Max | Int32 | - |
cutoff | Double | - |