Seeds

Full name SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.Seeding.Seeds Assembly SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns Members 5

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Analysis.SequenceTools.SequencePatterns.Topologically.Seeding.Seeds

02 Methods

Name	Overloads	Summary
PopulateExistsSeeds	1	将所输入的位于目标序列seq之上的所有的有效的种子seeds都拿出来
ExtendSequence	1	延伸种子的长度
InitializeSeeds	2	这个函数会过滤掉一部分在目标序列上不存在的种子序列
Combo	1	Extend target seq with one base character.

03 Members

method PopulateExistsSeeds #

PopulateExistsSeeds(String, IEnumerable(Of String))

将所输入的位于目标序列seq之上的所有的有效的种子seeds都拿出来

Parameters

Name	Type	Description
`seeds`	`String`	-

method ExtendSequence #

ExtendSequence(IEnumerable(Of String), Char())

延伸种子的长度

Parameters

Name	Type	Description
`source`	`IEnumerable(Of String)`	-
`Chars`	`Char()`	-

method InitializeSeeds overload 2 #

InitializeSeeds(Char(), Int32)

Initialize the nucleotide repeats seeds.(初始化序列片段的搜索种子)

Parameters

Name	Type	Description
`chars`	`Char()`	-
`length`	`Int32`	-

method InitializeSeeds #

InitializeSeeds(Char(), Int32, String)

这个函数会过滤掉一部分在目标序列上不存在的种子序列

Parameters

Name	Type	Description
`chars`	`Char()`	-
`length%`	`Int32`	-
`sequence`	`String`	因为过滤掉了一部分的不存在的种子序列所以这个理论上搜索效率会更高

method Combo #

Combo(String, Char())

Extend target seq with one base character.

Parameters

Name	Type	Description
`seq$`	`String`	-
`chars`	`Char()`	-