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候选ORF（开放阅读框）
CandidateORF
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Annotation.Prodigal.CandidateORF
02 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| SeqId | 1 | 所属序列ID |
| Start | 1 | 起始位置（1-based，基因组坐标） |
| End | 1 | 终止位置（1-based，基因组坐标） |
| Strand | 1 | 链方向：'+' 正向，'-' 反向 |
| Frame | 1 | 阅读框编号（0, 1, 2） |
| StartCodon | 1 | 起始密码子（ATG/GTG/TTG） |
| StopCodon | 1 | 终止密码子（TAA/TAG/TGA） |
| Length | 1 | ORF长度（核苷酸数） |
| CodingScore | 1 | 编码区得分（coding score） |
| StartScore | 1 | 起始位点得分（start score） |
| RbsScore | 1 | RBS得分 |
| UpstreamScore | 1 | 上游序列得分 |
| TypeScore | 1 | 起始密码子类型得分 |
| TotalScore | 1 | 总得分 = CodingScore + StartScore |
| AaSequence | 1 | 氨基酸序列 |
| NtSequence | 1 | 核苷酸序列 |
| RbsMotif | 1 | 检测到的RBS模体 |
| RbsSpacing | 1 | RBS与起始密码子的间距 |
| Selected | 1 | 是否被DP选中 |
| RawStart | 1 | 在原始序列上的起始位置（0-based，用于ORF查找内部） |
| RawEnd | 1 | 在原始序列上的终止位置（0-based，用于ORF查找内部） |
| SortIndex | 1 | ORF在排序后的索引（DP用） |
| PrevIndex | 1 | DP前驱索引 |
| DpScore | 1 | DP累积得分 |
| PartialType | 1 | 部分基因标记（5'端或3'端截断） |
03 Members
SeqId
所属序列ID
Start
起始位置（1-based，基因组坐标）
End
终止位置（1-based，基因组坐标）
Strand
链方向：'+' 正向，'-' 反向
Frame
阅读框编号（0, 1, 2）
StartCodon
起始密码子（ATG/GTG/TTG）
StopCodon
终止密码子（TAA/TAG/TGA）
Length
ORF长度（核苷酸数）
CodingScore
编码区得分（coding score）
StartScore
起始位点得分（start score）
RbsScore
RBS得分
UpstreamScore
上游序列得分
TypeScore
起始密码子类型得分
TotalScore
总得分 = CodingScore + StartScore
AaSequence
氨基酸序列
NtSequence
核苷酸序列
RbsMotif
检测到的RBS模体
RbsSpacing
RBS与起始密码子的间距
Selected
是否被DP选中
RawStart
在原始序列上的起始位置（0-based，用于ORF查找内部）
RawEnd
在原始序列上的终止位置（0-based，用于ORF查找内部）
SortIndex
ORF在排序后的索引（DP用）
PrevIndex
DP前驱索引
DpScore
DP累积得分
PartialType
部分基因标记（5'端或3'端截断）