Network nodes
entry
00 Remarks
<entry>元素表示通路中的一个“节点”或“条目”,是构建代谢网络图的基本单元。每个<entry>都有一个唯一的ID(通过id属性指定)和一个或多个名称(通过name属性指定), 以及该条目的类型(通过type属性指定)。根据type的不同,<entry>可以代表不同类型的生物学实体。
每个<entry>元素的核心作用是定义通路中的一个节点实体。例如,在糖酵解通路中,一个<entry>可以表示己糖激酶(基因/酶),另一个可以表示葡萄糖-6-磷酸(代谢物)。 节点之间通过<reaction>和<relation>元素连接,从而形成网络。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Assembly.KEGG.WebServices.KGML.entry
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ToString | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| id | 1 | 该条目的唯一标识符(在当前通路中唯一),是一个正整数。 |
| name | 1 | 该条目对应的KEGG数据库标识符,通常以“数据库:ID”的形式表示。例如,name="hsa:124"表示人类基因ID 124,name="cpd:C00031"表示化合物C00031(葡萄糖)。name属性可以包含多个值(多个基因或化合物),多个值之间用空格分隔。 |
| type | 1 | 条目的类型,如gene、compound等,用于标识该节点的生物学类别。entry的类别包括有: + gene:表示基因产物(通常是蛋白质),是代谢通路中的酶或其它蛋白质因子。 + enzyme:表示酶(有时与gene类似,但在参考通路中特指以EC编号表示的酶)。 + ortholog:表示直系同源群(以KO编号表示),在参考通路中代表一个保守的功… |
| link | 1 | 可选属性,提供该条目在KEGG数据库中的链接地址(例如基因或化合物的详情页面)。 |
| reaction | 1 | 可选属性,对于某些基因/酶类型的节点,可以指定其催化或参与的化学反应ID(例如reaction="rn:R00710")。这通常用于酶节点,以表示该酶参与的反应。 |
| graphics | 1 | 一个或多个<graphics>子元素,用于描述该条目在官方通路图中的图形表示。 |
04 Members
id
该条目的唯一标识符(在当前通路中唯一),是一个正整数。
name
该条目对应的KEGG数据库标识符,通常以“数据库:ID”的形式表示。例如,name="hsa:124"表示人类基因ID 124,name="cpd:C00031"表示化合物C00031(葡萄糖)。name属性可以包含多个值(多个基因或化合物),多个值之间用空格分隔。
type
条目的类型,如gene、compound等,用于标识该节点的生物学类别。entry的类别包括有:
- gene:表示基因产物(通常是蛋白质),是代谢通路中的酶或其它蛋白质因子。
- enzyme:表示酶(有时与gene类似,但在参考通路中特指以EC编号表示的酶)。
- ortholog:表示直系同源群(以KO编号表示),在参考通路中代表一个保守的功能模块,可能在具体生物体中由一个或多个基因编码。
- compound:表示化学代谢物,是代谢反应的底物或产物。
- map:表示另一个通路的链接,相当于一个嵌套的子图节点(通常用于连接相关的通路图)。
- other:其它未分类的节点类型。
link
可选属性,提供该条目在KEGG数据库中的链接地址(例如基因或化合物的详情页面)。
reaction
可选属性,对于某些基因/酶类型的节点,可以指定其催化或参与的化学反应ID(例如reaction="rn:R00710")。这通常用于酶节点,以表示该酶参与的反应。
graphics
一个或多个<graphics>子元素,用于描述该条目在官方通路图中的图形表示。
ToString()