<relation>元素表示通路中两个节点之间的关联关系,主要用于描述蛋白质(或基因产物)之间的相互作用,以及蛋白质与代谢物之间的调控关系。与<reaction>描述化学转化不同, <relation>更侧重于调控和相互作用,例如一个蛋白质激活或抑制另一个蛋白质,或一个蛋白质结合一个代谢物等。<relation>元素在KGML中通常用于表示蛋白质网络(protein network) 或调控网络,即以蛋白质/基因为节点、调控关系为边的网络。