PTTDbLoader

Full name SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.TabularFormat.PTTDbLoader Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 23

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.TabularFormat.PTTDbLoader

02 Methods

Name	Overloads	Summary
ExportCOGProfiles	1	从PTT基因组注释数据之中获取COG分类数据
CreateObject	1	从其他的数据类型进行数据转换，转换数据格式为PTT格式，以方便用于后续的分析操作用途
GetRelatedGenes	2	会依照所传递进来的链的方向的参数来查找与之相关的基因
.ctor	1	请注意，通过这个构造函数只能够读取一个数据库的数据，假若一个文件夹里面同时包含有了基因组数据和质粒的数据，则不推荐使用这个函数进行构造加载
GetGeneUniqueId	1	基因序列中的pid似乎是无效的，都一样的，只能通过location来获取序列的标识号了
ORF_PTT	1	.ptt
RNARnt	1	.rpt
GenomeFasta	1	(*.fna)(基因组的全长序列)
ExportCOGProfiles	1
GetEnumerator	1
ContainsKey	1
TryGetValue	1
GetEnumerator1	1
op_Explicit	1

03 Properties

Name	Overloads	Summary
RptGenomeBrief	1	.rpt
GeneFastas	1
Proteins	1
Count	1
Item	1
Keys	1
Values	1

04 Fields

Name	Overloads	Summary
_genomeContext	1	整个基因组中的所有基因的集合，包括有蛋白质编码基因和RNA基因

05 Members

method ExportCOGProfiles #

ExportCOGProfiles``1

从PTT基因组注释数据之中获取COG分类数据

Type Parameters

Name	Description
`T_Entry`

method CreateObject #

CreateObject(IEnumerable(Of IGeneBrief), FastaSeq)

从其他的数据类型进行数据转换，转换数据格式为PTT格式，以方便用于后续的分析操作用途

method GetRelatedGenes #

GetRelatedGenes(Int32, Int32, Strands, Int32)

会依照所传递进来的链的方向的参数来查找与之相关的基因

Parameters

Name	Type	Description
`LociStart`	`Int32`	-
`LociEnds`	`Int32`	-
`Strand`	Strands	-
`ATGDistance`	`Int32`	-

method GetRelatedGenes overload 2 #

GetRelatedGenes(Int32, Int32, Int32)

This function will ignore the nucleoside direction adn founds the gene on both strand of the DNA.(将会忽略DNA链，两条链的位置上都会寻找)

Parameters

Name	Type	Description
`LociStart`	`Int32`	-
`LociEnds`	`Int32`	-

method .ctor #

#ctor(String, Boolean)

请注意，通过这个构造函数只能够读取一个数据库的数据，假若一个文件夹里面同时包含有了基因组数据和质粒的数据，则不推荐使用这个函数进行构造加载

Parameters

Name	Type	Description
`DIR`	`String`	-
`simplify`	`Boolean`	数据库是精简版的，有些文件是缺失的

method GetGeneUniqueId #

GetGeneUniqueId(String, String)

基因序列中的pid似乎是无效的，都一样的，只能通过location来获取序列的标识号了

Parameters

Name	Type	Description
`Location`	`String`	-

method ORF_PTT #

ORF_PTT

*.ptt

method RNARnt #

RNARnt

*.rpt

method GenomeFasta #

GenomeFasta

(*.fna)(基因组的全长序列)

property RptGenomeBrief #

RptGenomeBrief

*.rpt

field _genomeContext #

_genomeContext

整个基因组中的所有基因的集合，包括有蛋白质编码基因和RNA基因

property GeneFastas #

GeneFastas

property Proteins #

Proteins

property Count #

Count

property Item #

Item

property Keys #

Keys

property Values #

Values

method ExportCOGProfiles #

ExportCOGProfiles()

method GetEnumerator #

GetEnumerator()

method ContainsKey #

ContainsKey(String)

method TryGetValue #

TryGetValue(String, GeneBrief)

method GetEnumerator1 #

GetEnumerator1()

method op_Explicit #

op_Explicit(PTTDbLoader)