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KEGG pathway map local rendering engine
LocalRender
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Assembly.KEGG.WebServices.LocalRender
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| .ctor | 1 | 因为KEGG的对应物种的pathway map都是来自于标准的pathway map 所以他们的数字id都是一样的，在这里会将id解析为数字id |
| GetTitle | 1 | Get display title of the target pathway map |
| FromRepository | 1 | Create renderer from a directory which contains required map file. |
| IteratesMapNames | 1 | 函数返回{mapName -> idlist}，其中idlist为产生交集的编号列表 |
| Rendering | 2 | 解析url之中的数据，将指定的基因按照给定的颜色进行高亮显示 |
| renderGenes | 1 | rect |
| renderCompound | 1 | circle |
| CompoundShapeDrawing | 1 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| mapTable | 1 | Index by map id |
04 Members
#ctor(
IEnumerable(Of NamedValue(Of Map)), Boolean)因为KEGG的对应物种的pathway map都是来自于标准的pathway map 所以他们的数字id都是一样的，在这里会将id解析为数字id
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
maps | IEnumerable(Of NamedValue(Of Map)) | - |
GetTitle(
String)Get display title of the target pathway map
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
mapName$ | String | - |
FromRepository(
String, Boolean)Create renderer from a directory which contains required map file.
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
repo$ | String | - |
IteratesMapNames(
String(), Int32)函数返回{mapName -> idlist}，其中idlist为产生交集的编号列表
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
list$ | String() | - |
threshold% | Int32 | - |
Rendering(
String, Font, String, String)解析url之中的数据，将指定的基因按照给定的颜色进行高亮显示
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
url$ | String | - |
font | Font | - |
textColor$ | String | - |
scale$ | String | - |
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
mapName$ | String | - |
nodes | MapHighlights |
|
font | Font | - |
textColor$ | String | - |
scale$ | String | - |
rect
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
g | IGraphics | - |
map | Font | - |
list | Brush | - |
circle
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
g | IGraphics | - |
map | Font | - |
list | Map | - |
CompoundShapeDrawing(
NamedValue(Of String), Dictionary(Of String, NamedValue(Of Area())), Font, IGraphics, SizeF, SizeF)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
id | NamedValue(Of String) | - |
shapes | Dictionary(Of String, NamedValue(Of Area())) | - |
font | Font | - |
g | IGraphics | - |
scale | SizeF | - |
scaleCircle | SizeF | 通用的缩放 |
mapTable
Index by map id