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KEGG web query request handler.(KEGG数据库web查询处理模块)
KEGG是一个代谢图，收录基因和基因组的数据库，数据库可以分为 3 大部分，基因数据库，化学分子物质数据库，以及基于基因和化学分子物质相互关系而建立起来的代谢路径数据库， 在KEGG数据库中，有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO （或K标签，KEGG orthology (ko)代表的是某个代谢途径，k代表的是某个酶，c代表的是某个化合物，M代表的是某个模块，后面都会跟着编号。图中的正方形代表酶，圆形代表代谢物， 5.4.4.4代表的是EC编号。
01 Syntax
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GetText | 1 | 得到表格之中的某一项的文本值 |
| FetchSeq | 2 | Download a protein sequence data from the KEGG database.(从KEGG数据库之中下载一条蛋白质分子序列) |
| FetchNt | 2 | Fetch the nucleotide sequence fasta data from the kegg database. |
| HandleQuery | 2 | Get an entry list from a keyword throught the KEGG database web request.{(speciesId:AccessionId), entry_description} |
| BatchQuery | 1 | Batch query protein sequence fasta data from the KEGG server. |
| DownloadSequence | 1 | Download fasta sequence data from KEGG database, this function will automatically handles the species brief code. |
| GetQueryEntry | 1 | Handle query for a gene locus from KEGG |
| DownloadsBatch | 1 | 同一个基因组内的蛋白质的序列下载推荐使用这个方法来完成，这个方法KEGG服务器的负担会比较轻 |
| Download16S_rRNA | 1 | http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K01977 这个函数先下载单独的16sRNA序列，然后再合并为同一个大文件返回 |
| GetSpCode | 1 | 从KEGG服务器上面得到基因组的摘要代码 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| _16S_rRNA | 1 | 都定义在这个地方了。。。。 |
| QUERY_RESULT_LINK_ITEM | 1 | |
| QUERY_RESULT_LINK1 | 1 | |
| QUERY_RESULT_LINK2 | 1 |
04 Members
String)得到表格之中的某一项的文本值
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
form | WebForm | - |
key$ | String | - |
String, String)Download a protein sequence data from the KEGG database. (从KEGG数据库之中下载一条蛋白质分子序列)
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
specieId | String | KEGG species id.(KEGG物种编号) |
accessionId | String | NCBI gene locus tag.(NCBI基因编号) |
Download a protein sequence data from the KEGG database.(从KEGG数据库之中下载一条蛋白质分子序列)
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
entry | QueryEntry | KEGG sequence query entry.(KEGG数据库的分子序列查询入口点) |
String, String)Fetch the nucleotide sequence fasta data from the kegg database.
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
specieId | String | - |
accessionId | String | - |
Fetch the nucleotide sequence fasta data from the kegg database.
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
entry | QueryEntry | - |
String)Get an entry list from a keyword throught the KEGG database web request.{(speciesId:AccessionId), entry_description}
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
keyword | String | - |
如果没有任何结果则返回一个空列表
String, Int32)Get an entry list from a keyword throught the KEGG database web request.{(speciesId:AccessionId), entry_description}
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
keyword | String | - |
如果没有任何结果则返回一个空列表
String, Int32)Batch query protein sequence fasta data from the KEGG server.
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
keyword | String | - |
limit | Int32 | 大批量的数据查询会不会被KEGG封IP？，可以使用本参数来控制数据的返回量 |
String)Download fasta sequence data from KEGG database, this function will automatically handles the species brief code.
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
id | String | - |
String)Handle query for a gene locus from KEGG
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
locus_id | String | - |
String, IEnumerable(Of String))同一个基因组内的蛋白质的序列下载推荐使用这个方法来完成，这个方法KEGG服务器的负担会比较轻
String)http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?ko:K01977
这个函数先下载单独的16sRNA序列，然后再合并为同一个大文件返回
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
outDIR | String | - |
String)从KEGG服务器上面得到基因组的摘要代码
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
locusId | String | - |
都定义在这个地方了。。。。