GenomeAssemblyLevel

Full name SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.GBFF.GenomeAssemblyLevel Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 10

The genome assembly level of the target genbank record.(目标genbank记录所对应的基因组组装水平)

00 Remarks

判定策略参考 complete_genome.md 文档，按照可靠性从高到低组合： WGS accession 格式 > 草图关键词(contig/scaffold/draft/shotgun) > 完整信号(Genome Representation :: Full / DEFINITION complete / Finishing Goal) > assembly_gap > /chromosome 限定符。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.GBFF.GenomeAssemblyLevel

02 Fields

Name	Overloads	Summary
Unknown	2	无法判定目标记录的组装水平，需要人工核查
CompleteGenome	2	完整组装：COMMENT 之中声明了 Genome Representation :: Full，或者 DEFINITION 之中声明了 complete genome / complete sequence
ChromosomeLevel	2	染色体级组装：并没有明确的 complete 声明，但是存在有 /chromosome 限定符，例如ENA风格的 "genome assembly, chromosome: I" 记录
Scaffold	2	scaffold 级别的草图组装，包含WGS记录与声明了 scaffold/draft/shotgun 的记录
Contig	2	contig 级别的草图组装

03 Members

field Unknown #

Unknown

无法判定目标记录的组装水平，需要人工核查

field CompleteGenome #

CompleteGenome

完整组装：COMMENT 之中声明了 Genome Representation :: Full，或者 DEFINITION 之中声明了 complete genome / complete sequence

field ChromosomeLevel #

ChromosomeLevel

染色体级组装：并没有明确的 complete 声明，但是存在有 /chromosome 限定符，例如ENA风格的 "genome assembly, chromosome: I" 记录

field Scaffold #

Scaffold

scaffold 级别的草图组装，包含WGS记录与声明了 scaffold/draft/shotgun 的记录

field Contig #

Contig

contig 级别的草图组装

field Unknown overload 2 #

Unknown

field CompleteGenome overload 2 #

CompleteGenome

field ChromosomeLevel overload 2 #

ChromosomeLevel

field Scaffold overload 2 #

Scaffold

field Contig overload 2 #

Contig