GenomeMolType

Full name SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.GBFF.GenomeMolType Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 18

The molecule type of the target genbank record.(目标genbank记录所描述的分子的类型)

00 Remarks

判定策略参考 moltype.md 文档：source 限定符(结构化) > mol_type 语义 > DEFINITION/KEYWORDS 关键词(自由文本兜底) > Unknown。

注意 /mol_type 只区分 DNA/RNA，不区分核基因组/质粒/细胞器：INSDC 明确规定 organelle 与 plasmid DNA 也使用 genomic DNA，所以不能够依赖这个限定符做分子定位的判定。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.GBFF.GenomeMolType

02 Fields

Name	Overloads	Summary
Unknown	2	无法判定目标记录的分子类型，需要人工核查
Nuclear	2	核基因组：染色体基因组或者WGS组装的基因组序列
Plasmid	2	质粒基因组
Mitochondrion	2	线粒体基因组(含kinetoplast)
Chloroplast	2	质体基因组：叶绿体chloroplast / apicoplast / chromatophore / nitroplast等
OtherOrganelle	2	其他的细胞器基因组，例如hydrogenosome / nucleomorph等
ViralGenome	2	病毒(含噬菌体)基因组
RnaGenomic	2	RNA基因组
Transcript	2	转录本或者其他非基因组RNA：mRNA/tRNA/rRNA/ncRNA等

03 Members

field Unknown #

Unknown

无法判定目标记录的分子类型，需要人工核查

field Nuclear #

Nuclear

核基因组：染色体基因组或者WGS组装的基因组序列

field Plasmid #

Plasmid

质粒基因组

field Mitochondrion #

Mitochondrion

线粒体基因组(含kinetoplast)

field Chloroplast #

Chloroplast

质体基因组：叶绿体chloroplast / apicoplast / chromatophore / nitroplast等

field OtherOrganelle #

OtherOrganelle

其他的细胞器基因组，例如hydrogenosome / nucleomorph等

field ViralGenome #

ViralGenome

病毒(含噬菌体)基因组

field RnaGenomic #

RnaGenomic

RNA基因组

field Transcript #

Transcript

转录本或者其他非基因组RNA：mRNA/tRNA/rRNA/ncRNA等

field Unknown overload 2 #

Unknown

field Nuclear overload 2 #

Nuclear

field Plasmid overload 2 #

Plasmid

field Mitochondrion overload 2 #

Mitochondrion

field Chloroplast overload 2 #

Chloroplast

field OtherOrganelle overload 2 #

OtherOrganelle

field ViralGenome overload 2 #

ViralGenome

field RnaGenomic overload 2 #

RnaGenomic

field Transcript overload 2 #

Transcript