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Genbank export methods collection.
gbExportService
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.GenBank.gbExportService
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| DumpEXPORT | 1 | Convert a feature site data in the NCBI GenBank file to the dump information table. |
| Distinct | 2 | 返回去除掉重复的数据之后的AccessionId编号 |
| CopyGenomeSequence | 1 | 将PTT文件夹之中的基因组序列数据复制到目标文件夹之中 |
| LoadGbkSource | 1 | 假若目标GBK是使用本模块之中的方法保存或者导出来的，则可以使用本方法生成Entry列表；（在返回的结果之中，KEY为文件名，没有拓展名，VALUE为文件的路径） |
| GbffToPTT | 1 | 将GBK文件之中的基因的位置数据导出为PTT格式的数据，这个函数所导出来的数据包含了蛋白质和RNA，如果ORF为False的话。 |
| EnumerateGeneFeatures | 1 | |
| BatchExport | 1 | |
| ExportGeneFeatures | 1 | Exports selective gene features |
| BatchExportPlasmid | 1 | |
| ExportGeneNtFasta | 1 | {locus_tag, gene.Location.ToString, products.SafeGetValue(locus_tag)?.Function}. |
03 Members
DumpEXPORT(CDS)
Convert a feature site data in the NCBI GenBank file to the dump information table.
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
obj | CDS | CDS标记的特性字段 |
Distinct(
String, Boolean)尝试去除重复的记录
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | String | 原始的Genbank数据库文件所存放的文件夹 |
Trim | Boolean | 是否去除没有序列数据的或者格式已经损坏的数据库文件，并且将原始文件删除？默认都去除 |
Distinct(
IEnumerable(Of Plasmid))返回去除掉重复的数据之后的AccessionId编号
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
data | IEnumerable(Of Plasmid) | - |
CopyGenomeSequence(
String, String)将PTT文件夹之中的基因组序列数据复制到目标文件夹之中
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | String | - |
LoadGbkSource(
String, String())假若目标GBK是使用本模块之中的方法保存或者导出来的，则可以使用本方法生成Entry列表；（在返回的结果之中，KEY为文件名，没有拓展名，VALUE为文件的路径）
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
source | String | - |
ext | String() | 文件类型的拓展名称 |
GbffToPTT(File,
Boolean)将GBK文件之中的基因的位置数据导出为PTT格式的数据，这个函数所导出来的数据包含了蛋白质和RNA，如果ORF为False的话。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
genbank | File | 导出CDS gene和RNA部分的数据 |
ORF | Boolean | 默认参数值为True，表示只导出蛋白编码基因的位置信息 |
EnumerateGeneFeatures(File,
Boolean)Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
genbank | File | - |
ORF | Boolean | CDS/tRNA/rRNA if set this parameter to false |
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
list | IEnumerable(Of File) | - |
GeneList | GeneTable() | - |
GBK | gbEntryBrief() | - |
FastaExport | String | Fasta序列文件的导出文件夹 |
ExportGeneFeatures(File)
Exports selective gene features
Remarks
features was filter via the CDS key name
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
gbk | File | - |
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
list | IEnumerable(Of File) | - |
GeneList | GeneTable() | - |
GBK | Plasmid() | - |
FastaExport | String | - |
FastaWithAnnotation | Boolean | 是否将序列的注释信息一同导出来， |
{locus_tag, gene.Location.ToString, products.SafeGetValue(locus_tag)?.Function}. (导出每一个基因的核酸序列)
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
gb | File | Genbank数据库文件 |
geneName | Boolean | If this parameter is specific as True, then this function will try using geneName as the fasta sequence title, or using locus_tag value as default. |