TaxidMaps

Full name SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.Taxonomy.TaxidMaps Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 5

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Assembly.NCBI.Taxonomy.TaxidMaps

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Reference2Taxid	1	对默认的nt库的fasta标题进行解析操作
GetParser	1	根据参数返回gi编号或者accession编号的解析函数表达式
GetAccessionId	1	从标准的nt fasta标题之中解析出accessionId.
MapByAcc	1
MapByGI	1

03 Members

method Reference2Taxid #

Reference2Taxid(Mapping, Boolean)

对默认的nt库的fasta标题进行解析操作

Parameters

Name	Type	Description
`mapping`	Mapping	将序列的id编号映射为taxid的操作函数
`is_gi2taxid`	`Boolean`	是否是将gi编号映射为taxid编号？反之false的话是使用accession编号映射为taxid

method GetParser #

GetParser(Boolean)

根据参数返回gi编号或者accession编号的解析函数表达式

Parameters

Name	Type	Description
`is_gi2taxid`	`Boolean`	-

method GetAccessionId #

GetAccessionId(String)

从标准的nt fasta标题之中解析出accessionId.

Parameters

Name	Type	Description
`header$`	`String`	-

method MapByAcc #

MapByAcc(String)

method MapByGI #

MapByGI(String)