GenomeContextProvider

Full name SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1 Assembly SMRUCC.genomics.Core Members 7

基因组上下文计算工具，一般使用PTT或者GFF文件作为数据源.

 Dim PTT As PTT = TabularFormat.PTT.Load("G:\Xanthomonas_campestris_8004_uid15\CP000050.ptt")
 Dim genome As New GenomeContextProvider(Of GeneBrief)(PTT)
 Dim loci As New NucleotideLocation(3834400, 3834450) ' XC_3200, XC_3199, KEGG测试成功
 Dim rels = genome.GetAroundRelated(loci, False)
 
 rels = genome.GetAroundRelated(loci, True)

Type Parameters

Name	Description
`T`

01 Syntax

SMRUCC.genomics.ContextModel.GenomeContextProvider`1

02 Methods

Name	Overloads	Summary
GetInnerAntisense	1	获取某一个指定的位点在基因组之中的内部反向的基因的集合
GetRelatedGenes	2	Gets the related genes on a specific loci site location.(函数获取某一个给定的位点附近的所有的有关联的基因对象。请注意，这个函数仅仅是依靠于两个位点之间的相互位置关系来判断的，并没有判断链的方向，假若需要判断链的方向，请在调用本函数之前就将参数source按照链的方向筛选出来)
GetRelatedUpstream	1	SegmentRelationships.UpStreamOverlap and SegmentRelationships.UpStream
GetSource	1	Gets the stranded gene object data source.
__delegate	1	Creates the anonymous function pointer for the relationship GenomeContextProvider.GetAroundRelated())
GetAroundRelated	1	Gets the related genes on a specific loci site location.(函数获取某一个给定的位点附近的所有的有关联的基因对象。请注意，这个函数仅仅是依靠于两个位点之间的相互位置关系来判断的，假若这个参数为真，假若需要判断链的方向)

03 Members

method GetInnerAntisense #

GetInnerAntisense(IEnumerable(Of `0), Int32, Int32, Strands)

获取某一个指定的位点在基因组之中的内部反向的基因的集合

Parameters

Name	Type	Description
`source`	IEnumerable(Of `0)	-
`LociStart`	`Int32`	-
`LociEnds`	`Int32`	-
`Strand`	Strands	-

method GetRelatedGenes overload 2 #

GetRelatedGenes(IEnumerable(Of GeneBrief), Int32, Int32, Int32)

Gets the related genes on a specific loci site location.(函数获取某一个给定的位点附近的所有的有关联的基因对象。请注意，这个函数仅仅是依靠于两个位点之间的相互位置关系来判断的，并没有判断链的方向，假若需要判断链的方向，请在调用本函数之前就将参数source按照链的方向筛选出来)

Parameters

Name	Type	Description
`source`	`IEnumerable(Of GeneBrief)`	-
`LociStart`	`Int32`	-
`LociEnds`	`Int32`	-
`ATGDistance`	`Int32`	-

Returns

请注意，函数所返回的列表之中包含有不同的关系！

method GetRelatedGenes #

GetRelatedGenes(IEnumerable(Of `0), Int32, Int32, Int32, Boolean)

Parameters

Name	Type	Description
`source`	IEnumerable(Of `0)	-
`start`	`Int32`	-
`ends`	`Int32`	-
`ATGDist`	`Int32`	-

Returns

请注意，函数所返回的列表之中包含有不同的关系！

method GetRelatedUpstream #

GetRelatedUpstream(IEnumerable(Of `0), NucleotideLocation, Int32)

SegmentRelationships.UpStreamOverlap and SegmentRelationships.UpStream

Parameters

Name	Type	Description
`source`	IEnumerable(Of `0)	-
`Loci`	NucleotideLocation	-
`ATGDistance`	`Int32`	-

method GetSource #

GetSource(Strands)

Gets the stranded gene object data source.

Parameters

Name	Type	Description
`strand`	Strands	-

method __delegate #

__delegate(NucleotideLocation, Boolean, Boolean)

Creates the anonymous function pointer for the relationship GenomeContextProvider.GetAroundRelated()

Parameters

Name	Type	Description
`loci`	NucleotideLocation	-
`stranded`	`Boolean`	-

method GetAroundRelated #

GetAroundRelated(NucleotideLocation, Boolean, Int32, Boolean)

Gets the related genes on a specific loci site location.(函数获取某一个给定的位点附近的所有的有关联的基因对象。请注意，这个函数仅仅是依靠于两个位点之间的相互位置关系来判断的，假若这个参数为真，假若需要判断链的方向)

Parameters

Name	Type	Description
`lociDist`	NucleotideLocation	-

Returns

请注意，函数所返回的列表之中包含有不同的关系！