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A simple organism taxonomy model.
Taxonomy
00 Remarks
主要是用来保存csv以及Xml文件使用
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Metagenomics.Taxonomy
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| .ctor | 3 | 需要在这里使用无参的构造函数来提供按照属性赋值的初始化形式 |
| Select | 1 | Convert current Taxonomy object as a string array. |
| CompareWith | 1 | 这个函数不会比较Taxonomy.scientificName |
| ToString | 2 | 返回BIOM格式的Taxonomy字符串 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| kingdom | 1 | 1. 界 |
| phylum | 1 | 2. 门 |
| class | 1 | 3A. 纲 |
| order | 1 | 4B. 目 |
| family | 1 | 5C. 科 |
| genus | 1 | 6D. 属 |
| species | 1 | 7E. 种 |
| RankLevel | 1 | 获取当前的这个分类结果值的最小分类单元的等级 |
| ncbi_taxid | 1 | |
| scientificName | 1 | |
| Unclassified | 1 |
04 Members
#ctor(
Dictionary(Of String, String), String)这个函数会自动调用BIOMTaxonomy.FillLineageEmpty()函数来填充缺失掉的rank部分 所以这个构造方法是安全的构造方法，不需要担心会因为缺少否些rank而抛出错误
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
lineage | Dictionary(Of String, String) | - |
#ctor(
IEnumerable(Of TaxonomyNode))construct of the taxonomy information from the ncbi taxonomy tree lineage data
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
taxonomyNodes | IEnumerable(Of TaxonomyNode) | - |
#ctor
需要在这里使用无参的构造函数来提供按照属性赋值的初始化形式
Select(TaxonomyRanks)
Convert current Taxonomy object as a string array. (返回来的元素值是按照TaxonomyRanks从大到小排列的)
CompareWith(Taxonomy)
这个函数不会比较Taxonomy.scientificName
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
another | Taxonomy | item b |
ToString
返回BIOM格式的Taxonomy字符串
ToString(
Boolean, Boolean)如果BIOMstyle参数为真,则返回符合BIOM文件要求的Taxonomy字符串格式
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
BIOMstyle | Boolean | - |
trimGenus | Boolean | only works when BIOMstyle parameter value set to TRUE |
kingdom
- 界
phylum
- 门
class
3A. 纲
order
4B. 目
family
5C. 科
genus
6D. 属
species
7E. 种
RankLevel
获取当前的这个分类结果值的最小分类单元的等级
ncbi_taxid
scientificName
Unclassified