DomainAnalysis

Full name SMRUCC.genomics.Data.Xfam.Pfam.DomainAnalysis Assembly SMRUCC.genomics.Data.Xfam.Pfam Members 6

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Data.Xfam.Pfam.DomainAnalysis

02 Methods

Name	Overloads	Summary
EnzymeClassified	2	所有经过MPAlignment比对的符合阈值筛选条件的都会被看作为编号
CreatePfamString	1
FillChouFasmanData	1	假若没有找到相应的fasta序列，则会返回原来的数据
__createStructureRegion	1	将两个Pfam结构域之间的序列取出来，使用Chou-Fasman计算二级结构
ToPfamString	1	将blastp比对数据转换为Pfam-String数据.(这个函数导出来的是query为待注释的蛋白序列，数据库为Pfam序列数据库的比较结果)

03 Members

method EnzymeClassified #

EnzymeClassified(IEnumerable(Of T_EnzymeClass_BLAST_OUT), IEnumerable(Of MPCsvArchive), NomenclatureDB, IEnumerable(Of Reaction))

所有经过MPAlignment比对的符合阈值筛选条件的都会被看作为编号

Remarks

This function export all of the annotation result which was match in the mpalignment filtering result. data parameter is the blast query raw data and the mpalignment parameter is the data filtering resulr from the mpalignment.

Parameters

Name	Type	Description
`data`	`IEnumerable(Of T_EnzymeClass_BLAST_OUT)`	-
`MPAlignment`	`IEnumerable(Of MPCsvArchive)`	-

method EnzymeClassified overload 2 #

EnzymeClassified(IEnumerable(Of T_EnzymeClass_BLAST_OUT), IEnumerable(Of MPCsvArchive))

这个方法只会筛选出可能的最佳的分类注释

Remarks

This function export the possible best annotation result of the enzyme class

Parameters

Name	Type	Description
`data`	`IEnumerable(Of T_EnzymeClass_BLAST_OUT)`	-
`MPAlignment`	`IEnumerable(Of MPCsvArchive)`	-

method CreatePfamString #

CreatePfamString(v228, FastaFile, Int32, Int32, Boolean, Double, Double, Double, Double)

Remarks

The blast_output is not recommend using grep operation if the data source is download from KEGG database; and the query fasta parameter is need for unique id grep operation. The default query operation time out threshold is 5min.

Parameters

Name	Type	Description
`blastOutput`	`v228`	不需要进行`格式化操作`
`query`	`FastaFile`	是进过grep操作之后的数据

method FillChouFasmanData #

FillChouFasmanData(PfamString, FastaSeq)

假若没有找到相应的fasta序列，则会返回原来的数据

Parameters

Name	Type	Description
`pfString`	PfamString	-
`Fasta`	`FastaSeq`	经过了Grep操作的fasta序列数据

method __createStructureRegion #

__createStructureRegion(PfamString, FastaSeq)

将两个Pfam结构域之间的序列取出来，使用Chou-Fasman计算二级结构

Parameters

Name	Type	Description
`describ`	PfamString	-
`sequence`	`FastaSeq`	-

Returns

ABCT

method ToPfamString #

ToPfamString(Query, Double, Double, Double, Double)

将blastp比对数据转换为Pfam-String数据.(这个函数导出来的是query为待注释的蛋白序列，数据库为Pfam序列数据库的比较结果)

Parameters

Name	Type	Description
`query`	`Query`	-
`offset`	`Double`	0.11
`identities`	`Double`	暂时无用