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Tools for comparing the protein domain structure similarity.
Algorithm
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Data.Xfam.Pfam.ProteinDomainArchitecture.MPAlignment.Algorithm
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| PfamStringEquals | 1 | 初略的判断蛋白质的结构上面的等价性，等价性越高，则返回的数值越接近于1，反之不相等则返回0甚至小于零 {得分， 相似性} |
| AltEquals | 1 | 初略的判断蛋白质的结构上面的等价性，等价性越高，则返回的数值越接近于1，反之不相等则返回0甚至小于零 {得分， 相似性} |
| __alignDomain | 1 | a和b都是已经经过排序的数据 |
| PositionEquals | 1 | Domain position specific alignment |
| __createDS | 1 | 这个函数会进行归一化处理 |
| Edits | 1 |
03 Members
初略的判断蛋白质的结构上面的等价性，等价性越高，则返回的数值越接近于1，反之不相等则返回0甚至小于零 {得分， 相似性}
Remarks
对于两个Domain之间的序列，其格式为ABCT
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Protein_1 | PfamString | - |
Protein_2 | PfamString | - |
初略的判断蛋白质的结构上面的等价性，等价性越高，则返回的数值越接近于1，反之不相等则返回0甚至小于零 {得分， 相似性}
Remarks
对于两个Domain之间的序列，其格式为ABCT
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Protein_1 | PfamString | - |
Protein_2 | PfamString | - |
__alignDomain(DomainDistribution(), DomainDistribution())
a和b都是已经经过排序的数据
Remarks
这个比对不是实际的物理位置构成的比较
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
a | DomainDistribution() | - |
b | DomainDistribution() | - |
Domain position specific alignment
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
ds1 | DomainDistribution | - |
ds2 | DomainDistribution | - |
high_Scoring_thresholds | Double | 高分比对的计算阈值 |
__createDS(DomainObject(),
Int32)这个函数会进行归一化处理
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
domains | DomainObject() | - |
protLen | Int32 | - |
Edits(
DomainAlignment())