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从双向比对结果之中根据PfamString结果来取等价的蛋白质
MotifParallelAlignment
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Data.Xfam.Pfam.ProteinDomainArchitecture.MPAlignment.MotifParallelAlignment
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| AlignProteins | 1 | 使用这个函数进行比对操作 |
| Convert | 1 | 将比对结果转换为Csv文件，之后可以在Excel之中按照自己的需求进行数据筛选 |
| Convert | 1 | 将比对结果转换为Csv文件，之后可以在Excel之中按照自己的需求进行数据筛选 |
| SelectSource | 2 | 这个是为了Pfam-A分析而准备的，比对Pfam-A数据库会产生很大的数据，则在比对之前先使用本方法挑选出符合条件的Subject，以减少BLASTP的时间以及日志文件的大小 |
| SelectUniprot | 1 | 根据基因组和Uniprot的双向比对结果，来选择需要进行Pfam-A分析的Uniprot蛋白序列 |
03 Members
AlignProteins(
IEnumerable(Of BiDirectionalBesthit), IEnumerable(Of PfamString), IEnumerable(Of PfamString), Double)使用这个函数进行比对操作
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
besthit | IEnumerable(Of BiDirectionalBesthit) | - |
query | IEnumerable(Of PfamString) | - |
subject | IEnumerable(Of PfamString) | - |
highlyScoringThreshold | Double | - |
Convert(
IEnumerable(Of BiDirectionalBesthit), IEnumerable(Of AlignmentOutput))将比对结果转换为Csv文件，之后可以在Excel之中按照自己的需求进行数据筛选
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Besthits | IEnumerable(Of BiDirectionalBesthit) | - |
DomainAlign | IEnumerable(Of AlignmentOutput) | - |
Convert``2(
IEnumerable(Of ``0), IEnumerable(Of AlignmentOutput), Func(Of AlignmentOutput, ``0, ``1))将比对结果转换为Csv文件，之后可以在Excel之中按照自己的需求进行数据筛选
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Besthits | IEnumerable(Of ``0) | - |
DomainAlign | IEnumerable(Of AlignmentOutput) | - |
SelectSource``1(
IEnumerable(Of ``0), FastaFile, Func(Of BiDirectionalBesthit, FastaSeq, Boolean))这个是为了Pfam-A分析而准备的，比对Pfam-A数据库会产生很大的数据，则在比对之前先使用本方法挑选出符合条件的Subject，以减少BLASTP的时间以及日志文件的大小
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Besthits | IEnumerable(Of ``0) | - |
SubjectFasta | FastaFile | - |
SelectMethod | Func(Of BiDirectionalBesthit, FastaSeq, Boolean) | - |
SelectSource``1(
IEnumerable(Of ``0), FastaFile, Func(Of BestHit, FastaSeq, Boolean))这个是为了Pfam-A分析而准备的，比对Pfam-A数据库会产生很大的数据，则在比对之前先使用本方法挑选出符合条件的Subject，以减少BLASTP的时间以及日志文件的大小
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Besthits | IEnumerable(Of ``0) | - |
SubjectFasta | FastaFile | - |
SelectMethod | Func(Of BestHit, FastaSeq, Boolean) | - |
SelectUniprot(
IEnumerable(Of BestHit), FastaFile)根据基因组和Uniprot的双向比对结果，来选择需要进行Pfam-A分析的Uniprot蛋白序列
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Besthits | IEnumerable(Of BestHit) | - |
subjects | FastaFile | - |