AlignmentTableParser

Full name SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.NCBIBlastResult.AlignmentTableParser Assembly SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions Members 6

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.NCBI.Extensions.NCBIBlastResult.AlignmentTableParser

02 Methods

Name	Overloads	Summary
IterateTables	1	当文件之中包含有多个表的时候使用
LoadTable	1	适用于一个文件只有一个表的时候
CreateFromBlastn	1	从一个包含有blastn结果的文件夹之中构建出比对的结果表
CreateFromBlastnFile	1	从单个blastn结果输出文件之中构建出比对结果表
CreateFromBlastnFiles	1	从一组blastn数据的结果文件之中构建出比对结果表
CreateFromBlastX	1

03 Members

method IterateTables #

IterateTables(String, Boolean)

当文件之中包含有多个表的时候使用

Parameters

Name	Type	Description
`path`	`String`	-

method LoadTable #

LoadTable(String, Boolean)

适用于一个文件只有一个表的时候

Parameters

Name	Type	Description
`path`	`String`	使用NCBI的web blast的结果输出表的默认格式的文件
`headerSplit`	`Boolean`	当HitRecord.SubjectIDs之中包含有多个比对结果序列的时候，是否使用分号`;`作为分隔符将表头分开？默认不分开

method CreateFromBlastn #

CreateFromBlastn(String)

从一个包含有blastn结果的文件夹之中构建出比对的结果表

Parameters

Name	Type	Description
`sourceDIR$`	`String`	-

method CreateFromBlastnFile #

CreateFromBlastnFile(String, Int32)

从单个blastn结果输出文件之中构建出比对结果表

Remarks

因为只是一条query比对多条序列，所以所输出的blastn结果之中只有一个query

Parameters

Name	Type	Description
`file$`	`String`	query vs multiple subjects

method CreateFromBlastnFiles #

CreateFromBlastnFiles(IEnumerable(Of String), String)

从一组blastn数据的结果文件之中构建出比对结果表

Parameters

Name	Type	Description
`source`	`IEnumerable(Of String)`	-
`database$`	`String`	-

method CreateFromBlastX #

CreateFromBlastX(String)