最大简约法(MP):在所有候选树拓扑中,寻找能用最少替换事件解释观测位点模式的树。 仅使用信息位点,通过 Fitch 算法(自底向上的动态规划)计算树长, 并以 NJ 树为初始拓扑,使用 NNI / SPR 算子进行启发式爬山搜索。
MaximumParsimony
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Parsimony.MaximumParsimony
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| FitchScore | 1 | 计算指定树在给定信息位点集合上的 Fitch 树长。 |
| Build | 1 | 执行最大简约法建树。 |
03 Members
计算指定树在给定信息位点集合上的 Fitch 树长。
执行最大简约法建树。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
matrix | CharacterMatrix | 已比对的位点矩阵 |
initial | PhyloNode | 可选的初始树;默认使用基于 p 距离的 NJ 树 |
maxIterations | Int32 | 启发式搜索的最大迭代轮次(默认为 100) |
useSpr | Boolean | 是否在 NNI 无法改进时尝试 SPR 移动 |
seed | Int32 | SPR 随机采样的种子 |