CRISPRPhylogeneticTree

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.CRISPRPhylogeneticTree Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 4

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.CRISPRPhylogeneticTree

02 Methods

Name	Overloads	Summary
TrimData	2	将所有该区间之内的位点数据全部清除
InvokeTreeDrawing	1	使用指定的布局样式（TreePlotMode，共 8 种）与画布尺寸绘制进化树。
GetRange	1	由于是在一个所指定的范围之内，所以没有查照到的时候，start往后移动，ends则会往前移动

03 Members

method TrimData #

TrimData(GenomeScanResult, Location)

将所有该区间之内的位点数据全部清除

Parameters

Name	Type	Description
`CRISPRData`	`GenomeScanResult`	-

method TrimData overload 2 #

TrimData(IEnumerable(Of GenomeScanResult), IEnumerable(Of GeneTable), SpeciesBesthit, String, String)

假若在进行质粒的进化树构建的时候，由于外来基因的水平转移的原因，假若包含有大片段的比对上的基因的话，会对进化树的构建结果产生很大的影响。故而将已经比对上的区域之中的CRISPR位点的数据进行删除，以消除影响。请注意，构建质粒的进化树一定要使用本方法进行数据的筛选

Parameters

Name	Type	Description
`data`	`IEnumerable(Of GenomeScanResult)`	-
`cds_Info`	`IEnumerable(Of GeneTable)`	-
`besthits`	`SpeciesBesthit`	-
`ends`	`String`	片段区域结束的基因
`start`	`String`	片段区域起始的基因

method InvokeTreeDrawing #

InvokeTreeDrawing(PhyloTree, TreePlotMode, Int32, Int32, Boolean, Boolean, Boolean, Boolean, String)

使用指定的布局样式（TreePlotMode，共 8 种）与画布尺寸绘制进化树。

Remarks

调用前宿主必须注册光栅图形驱动： Microsoft.VisualBasic.Imaging.Driver.ImageDriver.Register()

Parameters

method GetRange #

GetRange(SpeciesBesthit, String, HitCollection, HitCollection, IEnumerable(Of GeneTable))

由于是在一个所指定的范围之内，所以没有查照到的时候，start往后移动，ends则会往前移动

Parameters