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SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip 1.0.9762.7562.

01 Namespaces

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip

Type	Summary	Members
CRISPRPhylogeneticTree		4
PhylipInvoker	Phylip的命令行程序编程接口	3
ShellScriptAPI		7
TreeDrawing	进化树绘制门面：创建 GDI+ 画布 → 计算布局（TreeLayoutEngine）→ 渲染（TreeRenderer）→ 返回图像。	6

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution

Type	Summary	Members
EvolutionAlgorithm	进化树构建算法的类型	10
EvolutionAPI	进化树构建算法对外暴露的统一 API：串联“FASTA/比对 → 位点矩阵 / 距离矩阵 → 建树 → bootstrap 检验”的完整工作流。	8
EvolutionOptions	建树算法的通用参数。	8
TreeBuilder	统一的建树入口：根据算法名称分派到对应的算法模块。	2

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Bayesian

Type	Summary	Members
BayesianInference	贝叶斯推断（BI）：计算整棵树（以及模型参数）在数据条件下的后验分布 P(τ, v, θ | D) ∝ P(D | τ, v, θ) P(τ, v, θ) 由于后验分布没有解析解，使用 Metropolis-Hastings MCMC 在参数空间中随机游走进行采样； 每个内部分支的后验概率即“包含该分支的采样树占总样本的比例”。	6
BayesianResult	贝叶斯推断（BI）结果。	8
ConvergenceDiagnostic	贝叶斯推断的收敛诊断（基于对数似然轨迹的多链 Gelman-Rubin 统计量）。	7

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Bayesian.BayesianInference

Type	Summary	Members
ChainResult	单条马尔可夫链的采样结果。	0

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Bootstrap

Type	Summary	Members
BootstrapAnalysis	Bootstrap 支持度评估：从原始比对中有放回地随机抽取位点（保留总位点数）， 用同一算法重建树，重复成百上千次；每个内部分支在重抽样树中出现的频率即其支持度 （通常 ≥95% 视为高度可信）。	1
BootstrapResult	Bootstrap 分析结果。	4

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Distance

Type	Summary	Members
DistanceModel	两两序列距离的估计模型	6
SequenceDistance	由比对位点矩阵估计两两之间的进化距离，是距离法（UPGMA / NJ 以及 ML 初始树）的前置步骤。	5

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood

Type	Summary	Members
AminoAcidModel	内置的氨基酸经验替换模型	8
AminoAcidModels	内置的氨基酸经验替换模型（Dayhoff / JTT / WAG / LG）数据加载器。	6
DiscreteGamma	离散 Gamma 速率异质性模型（Yang 1994）：将位点间的替换速率差异用一个离散化的 Gamma 分布（形状参数 α，均值归一为 1）近似，并可附加不变位点比例 I。	6
EmpiricalAminoAcidModel	基于经验交换率矩阵（Dayhoff / JTT / WAG / LG）的氨基酸替换模型。	5
FelsensteinPruning	Felsenstein 剪枝（pruning / peeling）似然计算引擎。	7
GammaFunctions	离散 Gamma 模型所需的特殊函数（Gamma 函数、正则化不完全 Gamma 函数及其反函数）。	4
MaximumLikelihoodResult	最大似然法建树结果。	9
MaximumLikelihoodTree	最大似然法（ML）：给定带分支长度的树 T 与替换模型 M，计算观测数据 D 的条件概率 P(D|T, M)，并选择使似然最大的树。	6
ReversibleMatrixExponential	时间可逆（time-reversible）替换模型的转移概率矩阵计算：P(t) = e^{Qt}。	4
SubstitutionModel	替换模型抽象：描述氨基酸（或其他字符状态）随时间发生替换的概率过程。	4

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Models

Type	Summary	Members
CharacterMatrix	已比对的多序列字符矩阵（character matrix）：所有序列等长，缺失字符以 CharacterSet.Missing 编码。	15
CharacterSet	离散字符状态集合：定义进化树构建算法所使用的状态字母表，以及 gap/未知字符的判定规则。 默认提供蛋白质（20 种标准氨基酸）与核酸（DNA，4 种碱基）两种字符集。	11
DistanceMatrix	对称的距离方阵（square distance matrix）：names + Double()()。	10

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.NeighborJoining

Type	Summary	Members
NeighborJoining	邻接法（Neighbor-Joining, Saitou & Nei 1987）：允许不同支系演化速率不等， 从星状树出发逐步合并最近邻居，输出一棵无根树。	3

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Parsimony

Type	Summary	Members
MaximumParsimony	最大简约法（MP）：在所有候选树拓扑中，寻找能用最少替换事件解释观测位点模式的树。 仅使用信息位点，通过 Fitch 算法（自底向上的动态规划）计算树长， 并以 NJ 树为初始拓扑，使用 NNI / SPR 算子进行启发式爬山搜索。	2
ParsimonyResult	最大简约法（Maximum Parsimony）的建树结果。	4

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Parsimony.MaximumParsimony

Type	Summary	Members
FitchEvaluator	Fitch 算法的单次位点求值器（对某个特定位点，自底向上累计最少替换数）。	1

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.TreeIO

Type	Summary	Members
PhyloTreeFactory	建树算法结果（PhyloNode 拓扑）与项目内现有树模型 PhyloTree 之间的适配层， 同时提供遍历、叶集合提取、split（分支 bipartition）编码等树操作工具。	9

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.TreeSearch

Type	Summary	Members
NniMove	NNI（最近邻交换，Nearest Neighbor Interchange）拓扑移动： 针对内部边 (U -> V)，交换 V 的一个子节点 A 与 U 的另一个子节点 W。	4
SprMove	SPR（子树修剪重接，Subtree Pruning and Regrafting）拓扑移动： 剪除 U 的子节点 V（连同其子树），再把它重新接到边 (P -> C) 上。	4
TreeRearrangement	系统发育树拓扑重排算子（NNI / SPR），用于最大简约法与最大似然法的启发式树搜索。	7

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.UPGMA

Type	Summary	Members
UpgmaTree	UPGMA（非加权组平均法，Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean）： 每轮合并距离最近的两个簇，新簇与其他簇的距离取算术平均： D_kl = (n_i * D_ki + n_j * D_kj) / (n_i + n_j)。 该方法假设严格分子钟，输出一棵有根树。	2

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolview

Type	Summary	Members
PhyloNode		51
PhyloTree		40

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolview.Drawing

Type	Summary	Members
DrawingHelper	树绘制所需的通用工具：节点遍历、颜色解析、极坐标换算以及文本尺寸缓存。	9
NodeLayout	单个树节点的布局结果（全部为画布像素坐标）	16
TextMeasureCache	文本尺寸测量缓存：同一 (文本, 字体) 组合只测量一次，避免大树上逐节点重复测量。	1
TreeDrawingOptions	进化树绘制的配置项：布局样式、画布与留白、字体、颜色与线宽、显示开关、 圆形布局的起止角参数以及缩放策略。	32
TreeEdgeStyle	边（分支）的绘制形状	6
TreeLayoutEngine	进化树布局引擎：把 PhyloTree 的拓扑与几何量转换为画布坐标。	2
TreeLayoutResult	整棵树的布局结果：节点布局映射表 + 内容包围盒 + 布局元信息。	11
TreeRenderer	基于 GDI+（IGraphics）的进化树渲染器：只消费 TreeLayoutResult， 负责绘制分支、节点标记、叶标签、bootstrap 支持度、分支长度、叶背景色块、标题与比例尺。	4

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.MatrixFile

Type	Summary	Members
Gendist	在做motif的分布密度的时候，将每一种类型的motif看作为一个等位基因	6
MatrixFile	When Contml is used in the gene-frequency mode (its usual, default mode), or when Gendist is used, the first line contains the number of species (or populations) and the number o…	4
NeighborMatrix		1