离散 Gamma 速率异质性模型(Yang 1994):将位点间的替换速率差异用一个离散化的 Gamma 分布(形状参数 α,均值归一为 1)近似,并可附加不变位点比例 I。
DiscreteGamma
00 Remarks
每个速率类别的概率相等(1/K),类别速率 r_k = K * ∫_{q_{k-1}}^{q_k} x f(x) dx, 其中 q_k 是 Gamma(α, α) 的 1/K 分位数。当存在不变位点比例 p_inv 时, 额外增加一个速率为 0 的类别,并把可变类别的速率整体放大 1/(1 - p_inv), 从而保证全模型的平均速率为 1。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood.DiscreteGamma
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ComputeRates | 1 | 计算 K 个等概率 Gamma 速率类别的速率(平均值归一为 1)。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Rates | 1 | 各速率类别的速率值(若包含不变位点,第一个元素为 0) |
| Weights | 1 | 各速率类别的权重(和为 1) |
| Shape | 1 | |
| Categories | 1 | |
| InvariantProportion | 1 |
04 Members
ComputeRates(
Double, Int32)计算 K 个等概率 Gamma 速率类别的速率(平均值归一为 1)。
Rates
各速率类别的速率值(若包含不变位点,第一个元素为 0)
Weights
各速率类别的权重(和为 1)
Shape
Categories
InvariantProportion