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API Docs / SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip / DiscreteGamma

DiscreteGamma

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood.DiscreteGamma Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 6

离散 Gamma 速率异质性模型(Yang 1994):将位点间的替换速率差异用一个离散化的 Gamma 分布(形状参数 α,均值归一为 1)近似,并可附加不变位点比例 I。

00 Remarks

每个速率类别的概率相等(1/K),类别速率 r_k = K * ∫_{q_{k-1}}^{q_k} x f(x) dx, 其中 q_k 是 Gamma(α, α) 的 1/K 分位数。当存在不变位点比例 p_inv 时, 额外增加一个速率为 0 的类别,并把可变类别的速率整体放大 1/(1 - p_inv), 从而保证全模型的平均速率为 1。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.MaximumLikelihood.DiscreteGamma

02 Methods

NameOverloadsSummary
ComputeRates 1 计算 K 个等概率 Gamma 速率类别的速率(平均值归一为 1)。

03 Properties

NameOverloadsSummary
Rates 1 各速率类别的速率值(若包含不变位点,第一个元素为 0)
Weights 1 各速率类别的权重(和为 1)
Shape 1
Categories 1
InvariantProportion 1

04 Members

method ComputeRates #
ComputeRates(Double, Int32)

计算 K 个等概率 Gamma 速率类别的速率(平均值归一为 1)。

property Rates #
Rates

各速率类别的速率值(若包含不变位点,第一个元素为 0)

property Weights #
Weights

各速率类别的权重(和为 1)

property Shape #
Shape
property Categories #
Categories
property InvariantProportion #
InvariantProportion