CharacterSet

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Models.CharacterSet Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 11

离散字符状态集合：定义进化树构建算法所使用的状态字母表，以及 gap/未知字符的判定规则。默认提供蛋白质（20 种标准氨基酸）与核酸（DNA，4 种碱基）两种字符集。

00 Remarks

蛋白质字母表的排列顺序采用与 Dayhoff/JTT/WAG/LG 等经验替换模型一致的经典顺序： A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V，从而保证字符状态索引与替换矩阵索引一一对应。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Models.CharacterSet

02 Methods

Name	Overloads	Summary
IndexOf	1	返回字符对应的状态编码，缺失/未知时返回 CharacterSet.Missing。
IsGap	1	判断字符是否为 gap / 未知字符。
Guess	1	依据序列内容自动猜测字符集：若序列仅包含 DNA 字母表字符则返回 CharacterSet.DNA，否则返回 CharacterSet.Protein。

03 Properties

Name	Overloads	Summary
Size	1	状态空间的大小（氨基酸为 20，核酸为 4）
Protein	1	蛋白质字符集（20 态）
DNA	1	DNA 字符集（4 态）
Name	1
Alphabet	1
GapCharacters	1

04 Fields

Name	Overloads	Summary
Missing	2	表示缺失状态（gap / 未知残基）的编码值。

05 Members

method IndexOf #

IndexOf(Char)

返回字符对应的状态编码，缺失/未知时返回 CharacterSet.Missing。

method IsGap #

IsGap(Char)

判断字符是否为 gap / 未知字符。

method Guess #

Guess(String)

依据序列内容自动猜测字符集：若序列仅包含 DNA 字母表字符则返回 CharacterSet.DNA，否则返回 CharacterSet.Protein。

property Size #

Size

状态空间的大小（氨基酸为 20，核酸为 4）

property Protein #

Protein

蛋白质字符集（20 态）

property DNA #

DNA

DNA 字符集（4 态）

field Missing #

Missing

表示缺失状态（gap / 未知残基）的编码值。

field Missing overload 2 #

Missing

property Name #

Name

property Alphabet #

Alphabet

property GapCharacters #

GapCharacters