对称的距离方阵(square distance matrix):names + Double()()。
DistanceMatrix
00 Remarks
该类型为距离法(UPGMA / NJ)的共同输入模型,并提供与 PHYLIP 邻接矩阵 (NeighborMatrix)之间的双向转换,从而可以复用现有的 gendist / neighbor 工作流产出的矩阵文件。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Models.DistanceMatrix
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| FromMatrix | 1 | 由距离方阵与名称向量直接构建(会校验维度并强制对角为零、矩阵对称)。 |
| FromNeighbor | 1 | 由 PHYLIP 邻接矩阵(NeighborMatrix)构建。 |
| ReadPhylip | 1 | 由 PHYLIP 方阵文本文件构建。 |
| ToNeighbor | 1 | 转换为 PHYLIP 邻接矩阵(可直接传入 neighbor / fitch / kitsch 等程序)。 |
| ToPhylipDocument | 1 | 生成 PHYLIP 方阵文本(第一行给出分类单元数目)。 |
| ToString | 1 |
03 Properties
04 Members
FromMatrix(
String(), Double()())由距离方阵与名称向量直接构建(会校验维度并强制对角为零、矩阵对称)。
FromNeighbor(NeighborMatrix)
由 PHYLIP 邻接矩阵(NeighborMatrix)构建。
ReadPhylip(
String)由 PHYLIP 方阵文本文件构建。
ToNeighbor
转换为 PHYLIP 邻接矩阵(可直接传入 neighbor / fitch / kitsch 等程序)。
ToPhylipDocument
生成 PHYLIP 方阵文本(第一行给出分类单元数目)。
Matrix
对称方阵,Matrix(i)(j) 为第 i 与第 j 个分类单元之间的距离。
Names
Item
Size
ToString()