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API Docs / SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip / DistanceMatrix

DistanceMatrix

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Models.DistanceMatrix Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 10

对称的距离方阵(square distance matrix):names + Double()()。

00 Remarks

该类型为距离法(UPGMA / NJ)的共同输入模型,并提供与 PHYLIP 邻接矩阵 (NeighborMatrix)之间的双向转换,从而可以复用现有的 gendist / neighbor 工作流产出的矩阵文件。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Models.DistanceMatrix

02 Methods

NameOverloadsSummary
FromMatrix 1 由距离方阵与名称向量直接构建(会校验维度并强制对角为零、矩阵对称)。
FromNeighbor 1 由 PHYLIP 邻接矩阵(NeighborMatrix)构建。
ReadPhylip 1 由 PHYLIP 方阵文本文件构建。
ToNeighbor 1 转换为 PHYLIP 邻接矩阵(可直接传入 neighbor / fitch / kitsch 等程序)。
ToPhylipDocument 1 生成 PHYLIP 方阵文本(第一行给出分类单元数目)。
ToString 1

03 Properties

NameOverloadsSummary
Matrix 1 对称方阵,Matrix(i)(j) 为第 i 与第 j 个分类单元之间的距离。
Names 1
Item 1
Size 1

04 Members

method FromMatrix #
FromMatrix(String(), Double()())

由距离方阵与名称向量直接构建(会校验维度并强制对角为零、矩阵对称)。

method FromNeighbor #
FromNeighbor(NeighborMatrix)

由 PHYLIP 邻接矩阵(NeighborMatrix)构建。

method ReadPhylip #
ReadPhylip(String)

由 PHYLIP 方阵文本文件构建。

method ToNeighbor #
ToNeighbor

转换为 PHYLIP 邻接矩阵(可直接传入 neighbor / fitch / kitsch 等程序)。

method ToPhylipDocument #
ToPhylipDocument

生成 PHYLIP 方阵文本(第一行给出分类单元数目)。

property Matrix #
Matrix

对称方阵,Matrix(i)(j) 为第 i 与第 j 个分类单元之间的距离。

property Names #
Names
property Item #
Item
property Size #
Size
method ToString #
ToString()