DistanceModel

Full name SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Distance.DistanceModel Assembly SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip Members 6

两两序列距离的估计模型

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.Distance.DistanceModel

02 Fields

Name	Overloads	Summary
PDistance	2	p 距离：差异位点所占的比例（不做任何多重替换校正）
PoissonCorrection	2	Poisson 校正：d = -ln(1 - p)，适用于蛋白质序列
JukesCantor	2	Jukes-Cantor 校正：d = -3/4 * ln(1 - 4/3 * p)，适用于核酸序列

03 Members

field PDistance #

PDistance

p 距离：差异位点所占的比例（不做任何多重替换校正）

field PoissonCorrection #

PoissonCorrection

Poisson 校正：d = -ln(1 - p)，适用于蛋白质序列

field JukesCantor #

JukesCantor

Jukes-Cantor 校正：d = -3/4 * ln(1 - 4/3 * p)，适用于核酸序列

field PDistance overload 2 #

PDistance

field PoissonCorrection overload 2 #

PoissonCorrection

field JukesCantor overload 2 #

JukesCantor