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进化树构建算法对外暴露的统一 API：串联“FASTA/比对 → 位点矩阵 / 距离矩阵 → 建树 → bootstrap 检验”的完整工作流。
EvolutionAPI
00 Remarks
提供两种输入入口：
- 由 FASTA（可选自动多序列比对）推导字符矩阵与距离矩阵；
- 直接使用 PHYLIP 距离矩阵文件（复用 MatrixFile 工作流）。
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Interops.Visualize.Phylip.Evolution.EvolutionAPI
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| LoadCharacterMatrix | 1 | 从 FASTA 文件构建位点矩阵。align 为 True 时先执行多序列比对。 |
| LoadDistanceMatrix | 1 | 从 FASTA 文件估计两两距离矩阵。 |
| ReadPhylipDistanceMatrix | 1 | 读取 PHYLIP 格式的距离矩阵文件。 |
| BuildEvolutionTree | 3 | 使用指定算法由位点矩阵构建进化树。 |
| BootstrapEvolutionTree | 1 | 执行 bootstrap 支持度评估，并在返回的参考树内部节点上标注支持度（百分比）。 |
| ToNewick | 1 | 将树对象输出为 Newick 文本。 |
03 Members
LoadCharacterMatrix(
String, Boolean)从 FASTA 文件构建位点矩阵。align 为 True 时先执行多序列比对。
从 FASTA 文件估计两两距离矩阵。
ReadPhylipDistanceMatrix(
String)读取 PHYLIP 格式的距离矩阵文件。
BuildEvolutionTree(
String, EvolutionAlgorithm, AminoAcidModel, DistanceModel, Boolean, Int32, Double, Int32)使用指定算法由 FASTA（已比对或自动比对）构建进化树。
BuildEvolutionTree(DistanceMatrix, EvolutionAlgorithm)
使用指定算法由距离矩阵构建进化树（仅支持 UPGMA / NJ）。
使用指定算法由位点矩阵构建进化树。
BootstrapEvolutionTree(
String, EvolutionAlgorithm, Int32, AminoAcidModel, DistanceModel, Boolean, Int32)执行 bootstrap 支持度评估，并在返回的参考树内部节点上标注支持度（百分比）。
ToNewick(PhyloNode,
Boolean)将树对象输出为 Newick 文本。