OperonAnnotator

Full name SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.OperonAnnotator Assembly SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper Members 2

01 Syntax

SMRUCC.genomics.Model.OperonMapper.OperonAnnotator

02 Methods

Name	Overloads	Summary
AnnotateOperons	1	基于BLASTN比对结果和已知Operon信息，对基因组进行Operon注释。
ClassifyOperonBlock	1	辅助函数，用于对一个连续的基因区块进行Operon类型分类。

03 Members

method AnnotateOperons #

AnnotateOperons(GeneTable(), HitCollection(), Dictionary(Of String, ODBOperon), Int32)

基于BLASTN比对结果和已知Operon信息，对基因组进行Operon注释。

Parameters

Name	Type	Description
`allGenes`	`GeneTable()`	基因组中所有基因的数组。
`blastResults`	`HitCollection()`	所有基因的BLASTN比对结果数组。
`knownOperonsDict`	`Dictionary(Of String, ODBOperon)`	包含所有已知Operon信息的字典。

Returns

一个包含所有注释到的Operon的列表。

method ClassifyOperonBlock #

ClassifyOperonBlock(List(Of GeneTable), String, ODBOperon, Dictionary(Of String, HitCollection), Dictionary(Of String, ValueTuple(Of String, Double)))

辅助函数，用于对一个连续的基因区块进行Operon类型分类。