FM-index 接口:精确匹配统计与定位,供种子-延伸使用。
IFmIndex
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Alignment.IFmIndex
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Count | 1 | 模式串在参考序列中出现的次数。 |
| Locate | 1 | 定位模式串(返回 1-based 起始坐标),最多返回 maxHits 个。 |
| BackSearch | 1 | 反向搜索得到的后缀数组区间 [left, right)。不存在时返回 (0, 0)。 |
03 Members
Count(
String)模式串在参考序列中出现的次数。
Locate(
String, Int32)定位模式串(返回 1-based 起始坐标),最多返回 maxHits 个。
BackSearch(
String)反向搜索得到的后缀数组区间 [left, right)。不存在时返回 (0, 0)。