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API Docs / SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper 1.0.9753.40023.

Namespaces 12 Types 58 Members 539

01 Namespaces

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper

TypeSummary Members
CLI Rockhopper 命令行程序。 5
RockhopperParameters Rockhopper 的全部可配置运行参数。 33
RockhopperPipeline Rockhopper 主流程。 2

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Alignment

TypeSummary Members
Aligner 参考依赖比对器。 19
AlignmentHit 一次比对命中。 9
DpResult 动态规划比对结果。 6
FMIndex 基于 Burrows-Wheeler 变换的 FM-index（显式哨兵实现）。 13
IFmIndex FM-index 接口：精确匹配统计与定位，供种子-延伸使用。 3
SeedExtend 质量感知的动态规划比对。 8
SuffixArray 后缀数组（Suffix Array）构建器。 1

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.AnalysisAPI

TypeSummary Members
DeNovolTranscript de novo 转录本结果（transcripts.txt）的读取与转换。 1
Operon 预测得到的一个操纵子。 6
RockhopperAPI 14
Transcripts 从 RNA-seq 数据之中分析出来的基因/转录本结构。 26
TranscriptView 外部 TSS 注释表的一行。 18
TSSsAnalysis 从分析结果之中解析出 TSS→ATG 的序列（5'UTR）、-35 区→TSS 的序列（启动子）、 TGA→TTS 的序列（3'UTR）等，用于下游 motif 分析。 所生成的 FASTA 序列文件中每条序列标题的第一个元素都是基因号。 10
TSSsCategory 进行 TSS 位点的分类处理。 3

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.AnalysisAPI.RockhopperAPI

TypeSummary Members
GeneStructures 4 个序列结构集合（5'UTR / 启动子 / TSS / TTS）。 0

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.AnalysisAPI.Transcripts

TypeSummary Members
Categories Figure 1 Identification of transcription start sites (TSS) in the S. 16

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Assembly

TypeSummary Members
DeNovoAssembler de novo 转录组组装器。 27
DeNovoIndex 候选转录本的 BWT 索引与读段二次比对。 2
DeNovoTranscript 一条 de novo 组装得到的转录本。 6
DeNovoTranscripts de novo 转录本集合。 4

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Core

TypeSummary Members
AlignmentCoverage 单个重复实验、单个基因组（replicon）在正负链上的逐碱基覆盖度。 5
Condition A Condition keeps track of the RNA-seq data in each replicate experiment for a given condition. 12
Gene A Gene object represents a gene (either protein-coding or RNA). 45
Genome An instance of the Genome class represents a genome and its annotation, including the genome sequence, protein-coding genes, and RNA genes in the genome. 25
Logging 运行期共享状态，保存 Rockhopper 执行过程中的全局参数与输出通道。 4
Operon 一个多基因操纵子。 7
OperonGenePair 相邻基因对的共转录证据。 7
Replicate A Replicate object represents information about a single RNA-seq experiment, including information about all reads from the experiment. 30
Replicon 单个复制子（染色体/质粒）的核酸序列模型。 7
RNA 极简的 RNA 区段模型：起始、终止与链方向。 0
Transcript 转录本（基因或预测得到的新转录本/RNA）。 21
TranscriptExtensions 转录本集合辅助方法。 1

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.FileIO

TypeSummary Members
CoverageStore AlignmentCoverage 的读写器。 2
GenomeReader 基因组目录读取器。 3
Read 一条用于比对的测序读段（统一后的轻量视图，屏蔽输入格式差异）。 5
ReadFileFormat 支持的读段文件格式。 6
ReadsReader 读段文件读取器。 8
ResultWriter Rockhopper 分析结果写出器。 3
SamRecord 一条 SAM 比对记录（字段名遵循 SAM 规范）。 15
SamWriter SAM 文件写出器。 2
WigWriter 生成可供基因组浏览器（IGV 等）加载的 WIG 轨道文件。 4

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Operons

TypeSummary Members
OperonPrediction 操纵子预测器。 4
OperonPredictionOptions 操纵子预测参数。 4

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Quantification

TypeSummary Members
Quantification 表达定量流程：上四分位归一化、均值/RPKM 计算与差异表达检验。 5

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Regulation

TypeSummary Members
EnrichmentRow 富集报表的一行。 5
KEGGEnrichment 差异 TSS/TTS 基因的 KEGG 通路富集。 1
PromoterScore 单个 TSS 的 σ70 启动子打分结果。 10
Sigma70Validation σ70 启动子验证。 11
TranscriptLoci 单个转录本用于比较的位点信息（避免与具体转录本模型耦合）。 3
TSSsDifferent 一个基因在两个实验条件之间 TSS/TTS 的差异。 14
TSSsDifferentAnalysis 条件间 TSS/TTS 差异计算。 2

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Transcription

TypeSummary Members
GeneTypes 基因类型（与原始实现的 GeneTypes 保持一致）。 2
TssCategory TSS 的六分类（外加"未分类"）。 16
TSSsCategory TSS 位点分类器。 4
TSSsInference 基于读段覆盖分布的转录边界推断。 14