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从分析结果之中解析出 TSS→ATG 的序列（5'UTR）、-35 区→TSS 的序列（启动子）、 TGA→TTS 的序列（3'UTR）等，用于下游 motif 分析。 所生成的 FASTA 序列文件中每条序列标题的第一个元素都是基因号。
TSSsAnalysis
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.AnalysisAPI.TSSsAnalysis
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| LoadResult | 1 | 读取 *_transcripts.txt（保持 Rockhopper 原始列约定）。 |
| LoadOperonResult | 1 | 读取 *_operons.txt（格式：[Strand]Start,Stop; gene1, gene2, ...）。 |
| SubstituteID | 1 | 将结果文件中的基因名替换为基因号（locus_tag）。 |
| GenerateDoorOperon | 1 | 将 Rockhopper 的操纵子转换为 DOOR 数据库的操纵子格式（单基因也会补为一个操纵子）。 |
| Parsing5UTR | 1 | 解析 5'UTR（TSS→ATG）序列。 |
| ParsingTSSs | 1 | 解析 TSS 位点附近 ±5 bp 的片段序列。 |
| ParsingTTSs | 1 | 解析 3'UTR（TGA→TTS）序列。 |
| ParsingPromoterBox | 1 | 解析 -35 区→TSS 的启动子序列。 |
| internalTrimHead | 1 | 对重复的基因号追加序号，并把标题中的空格替换为下划线。 |
| DifferentTSSs | 1 | 条件间 TSS/TTS 差异计算（委托给 TSSsDifferentAnalysis）。 |
03 Members
LoadResult(
String)读取 *_transcripts.txt（保持 Rockhopper 原始列约定）。
LoadOperonResult(
String)读取 *_operons.txt（格式：[Strand]Start,Stop; gene1, gene2, ...）。
SubstituteID(Operon(),
PTT)将结果文件中的基因名替换为基因号（locus_tag）。
GenerateDoorOperon(Operon(),
PTT)将 Rockhopper 的操纵子转换为 DOOR 数据库的操纵子格式（单基因也会补为一个操纵子）。
Parsing5UTR(Transcripts(),
FastaSeq)解析 5'UTR（TSS→ATG）序列。
ParsingTSSs(Transcripts(),
FastaSeq)解析 TSS 位点附近 ±5 bp 的片段序列。
ParsingTTSs(Transcripts(),
FastaSeq)解析 3'UTR（TGA→TTS）序列。
ParsingPromoterBox(Transcripts(),
FastaSeq)解析 -35 区→TSS 的启动子序列。
internalTrimHead(
FastaSeq())对重复的基因号追加序号，并把标题中的空格替换为下划线。
DifferentTSSs(Transcripts(), Transcripts())
条件间 TSS/TTS 差异计算（委托给 TSSsDifferentAnalysis）。