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RockhopperAPI
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.AnalysisAPI.RockhopperAPI
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| RunProgram | 1 | 运行 Rockhopper 分析（等价于命令行调用）。 |
| LoadTranscriptResult | 1 | 读取 *_transcripts.txt。 |
| SaveData | 1 | 写出转录本结果 CSV。 |
| LoadOperonsAsDoor | 1 | 读取操纵子结果并转换为 DOOR 模型。 |
| OperonDiffTest | 1 | 比较两个条件下的操纵子结构，返回不一致的基因。 |
| DifferentTSSs | 1 | 条件间 TSS/TTS 差异。 |
| SaveDifferent | 1 | 写出差异结果 CSV。 |
| KEGGAnalysis | 1 | KEGG 通路富集分析（差异 TSS/TTS 基因）。 |
| TSSsCategories | 1 | 对 TSS 位点进行六分类并输出明细表。 |
| ParsingRegionSequence | 1 | 解析 5'UTR / 启动子 / TSS / TTS 区域序列并保存为 FASTA。 |
| TransFasta | 1 | de novo 结果（transcripts.txt）转 FASTA。 |
| TransFastaBatch | 1 | 批量把各子目录下的 de novo transcripts.txt 导出为 FASTA。 |
| LengthDistributions | 1 | 统计目录下 FASTA 文件的序列长度分布。 |
| GenerateModelData | 1 | 由基因关联视图构造转录本模型（对应原始 Run.Analysis 的模型生成步骤）。 |
03 Members
RunProgram(
IEnumerable(Of String))运行 Rockhopper 分析（等价于命令行调用）。
LoadTranscriptResult(
String)读取 *_transcripts.txt。
SaveData(
IEnumerable(Of Transcripts), String)写出转录本结果 CSV。
LoadOperonsAsDoor(
String, PTT)读取操纵子结果并转换为 DOOR 模型。
OperonDiffTest(
DOOR, DOOR)比较两个条件下的操纵子结构，返回不一致的基因。
Remarks
返回空数组表示两个条件的预测结果一致。
DifferentTSSs(
IEnumerable(Of Transcripts), IEnumerable(Of Transcripts))条件间 TSS/TTS 差异。
SaveDifferent(
IEnumerable(Of TSSsDifferent), String)写出差异结果 CSV。
KEGGAnalysis(
IEnumerable(Of TSSsDifferent), String)KEGG 通路富集分析（差异 TSS/TTS 基因）。
TSSsCategories(
IEnumerable(Of Transcripts), PTT, FastaSeq)对 TSS 位点进行六分类并输出明细表。
ParsingRegionSequence(
IEnumerable(Of Transcripts), FastaSeq, String)解析 5'UTR / 启动子 / TSS / TTS 区域序列并保存为 FASTA。
TransFasta(
String, String)de novo 结果（transcripts.txt）转 FASTA。
TransFastaBatch(
String, String)批量把各子目录下的 de novo transcripts.txt 导出为 FASTA。
LengthDistributions(
String, String)统计目录下 FASTA 文件的序列长度分布。
GenerateModelData(
IEnumerable(Of Transcript))由基因关联视图构造转录本模型（对应原始 Run.Analysis 的模型生成步骤）。