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从 RNA-seq 数据之中分析出来的基因/转录本结构。
Transcripts
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.AnalysisAPI.Transcripts
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GetTULoci | 1 | 转录单元（TSS..TTS）的基因组位点。 |
| GetORFLoci | 1 | ORF（ATG..TGA）的基因组位点。 |
| Get5UTRLeader | 1 | 提取 5' UTR（TSS → ATG）序列。 |
| GetTSSLoci | 1 | 提取 TSS 上下游各 5 bp 的序列。 |
| GetTTSsLoci | 1 | 提取 3' UTR（TGA → TTS）序列。 |
| GetPromoterBoxLoci | 1 | 提取 -35 区到 TSS 的启动子序列。 |
| makeFasta | 1 | 按基因组位点切片（1-based 坐标，含两端）。 |
| GetSegment | 1 | 从 0-based 序列中按下标区间取片段（1-based 输入，含两端；负链取反向互补）。 |
| ReverseComplement | 1 | 反向互补。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| TSSs | 1 | Transcription Start Sites（转录起始位点）。 |
| ATG | 1 | Translation Start（翻译起始位点）。 |
| TGA | 1 | Translation Stop（翻译终止位点）。 |
| TTSs | 1 | Transcription Stop Sites（转录终止位点）。 |
| Strand | 1 | 所在链："+" / "-"。 |
| Synonym | 1 | 基因号 / locus_tag。 |
| Expression | 1 | 表达量（平均归一化表达）。 |
| QValue | 1 | 差异表达 q 值（未做差异分析时为 1.0）。 |
| IsRNA | 1 | ATG 为 0 即不是 ORF。 |
| Leaderless | 1 | TSS 与 ATG 绝对重合（lmTSS）。 |
| Minus35BoxLoci | 1 | 35 区（TSS 上游约 60 bp）。 |
| Name | 1 | |
| Product | 1 | |
| IsPredictedRNA | 1 | |
| TranscriptLength | 1 | |
| Is_sRNA | 1 |
04 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| SRNA_LEN | 1 | 小 RNA 阈值（长度 ≤ 150 nt 且非 ORF）。 |
05 Members
GetTULoci
转录单元（TSS..TTS）的基因组位点。
GetORFLoci
ORF（ATG..TGA）的基因组位点。
Get5UTRLeader(
FastaSeq)提取 5' UTR（TSS → ATG）序列。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
Genome | FastaSeq | 基因组 FASTA 序列（大写的 0-based 序列）。 |
GetTSSLoci(
FastaSeq)提取 TSS 上下游各 5 bp 的序列。
GetTTSsLoci(
FastaSeq)提取 3' UTR（TGA → TTS）序列。
GetPromoterBoxLoci(
FastaSeq)提取 -35 区到 TSS 的启动子序列。
makeFasta(
FastaSeq, NucleotideLocation, String())按基因组位点切片（1-based 坐标，含两端）。
GetSegment(
FastaSeq, NucleotideLocation)从 0-based 序列中按下标区间取片段（1-based 输入，含两端；负链取反向互补）。
ReverseComplement(
String)反向互补。
TSSs
Transcription Start Sites（转录起始位点）。
ATG
Translation Start（翻译起始位点）。
TGA
Translation Stop（翻译终止位点）。
TTSs
Transcription Stop Sites（转录终止位点）。
Strand
所在链："+" / "-"。
Synonym
基因号 / locus_tag。
Expression
表达量（平均归一化表达）。
QValue
差异表达 q 值（未做差异分析时为 1.0）。
IsRNA
ATG 为 0 即不是 ORF。
Leaderless
TSS 与 ATG 绝对重合（lmTSS）。
Minus35BoxLoci
-35 区（TSS 上游约 60 bp）。
SRNA_LEN
小 RNA 阈值（长度 ≤ 150 nt 且非 ORF）。
Name
Product
IsPredictedRNA
TranscriptLength
Is_sRNA