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Rockhopper 的全部可配置运行参数。
RockhopperParameters
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.RockhopperParameters
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Normalize | 1 | 规范化：补齐默认值、解析标签、确定线程数、判定 de novo 模式。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ConditionFiles | 1 | 每个实验条件的读段文件列表（条件之间以空格分隔，条件内以逗号分隔，mate-pair 以 '%' 分隔）。 |
| GenomeDirectories | 1 | 参考基因组目录列表（每个目录含 *.fna / *.ptt / *.rnt）；为空表示 de novo 模式。 |
| OutputDirectory | 1 | 结果输出目录（默认 Rockhopper_Results/）。 |
| BrowserDirectory | 1 | 基因组浏览器文件子目录。 |
| ComputeExpression | 1 | 是否计算差异表达（CLI -e，默认 True）。 |
| ComputeOperons | 1 | 是否预测操纵子（CLI -y，默认 True）。 |
| ComputeTranscripts | 1 | 是否识别转录边界（UTR / ncRNA，CLI -t，默认 True）。 |
| StopAfterOneHit | 1 | 单个命中即返回（CLI -a，默认 True）。 |
| NumThreads | 1 | 处理器数量（CLI -p，默认自动检测）。 |
| Unstranded | 1 | RNA-seq 是否为链非特异（CLI -s，默认 False 即链特异）。 |
| Labels | 1 | 条件标签（CLI -L）。 |
| Verbose | 1 | verbose 输出（CLI -v，默认 False）。 |
| OutputSAM | 1 | 输出 SAM（CLI -SAM）。 |
| Time | 1 | 输出运行耗时（CLI -TIME）。 |
| IsDeNovo | 1 | 是否 de novo 模式（无 -g 时为 True）。 |
| PercentMismatches | 1 | 允许的错配比例（CLI -m，默认 0.15）。 |
| PercentSeedLength | 1 | 最小种子长度占读长比例（CLI -l，默认 0.33）。 |
| SingleEndOrientationReverseComplement | 1 | 单端读段反向互补（CLI -c，默认 False）。 |
| PairedEndOrientation | 1 | 双端方向（CLI -ff/-fr/-rf/-rr，默认 fr）。 |
| MaxPairedEndLength | 1 | 双端 mate 之间最大碱基数（CLI -d，默认 500）。 |
| TranscriptSensitivity | 1 | UTR / ncRNA 的最小表达灵敏度 [0,1]（CLI -z，默认 0.5）。 |
| K | 1 | k-mer 长度，范围 15–31（CLI -k，默认 25）。 |
| MinReadLength | 1 | 使用读段前所需的最小长度（CLI -j，默认 35）。 |
| CapacityPower | 1 | k-mer 哈希表容量幂次 2^n（CLI -n，默认 25）。 |
| MinReadsMapping | 1 | 映射到 de novo 转录本所需的最少全长读段数（CLI -b，默认 20）。 |
| MinTranscriptLength | 1 | de novo 转录本最小长度（CLI -u，默认 2*k；0 表示取 2*k）。 |
| MinSeedExpression | 1 | 作为转录本起点的 k-mer 最小计数（CLI -w，默认 50）。 |
| MinExpression | 1 | 延伸转录本所需的 k-mer 最小计数（CLI -x，默认 5）。 |
| SummaryFile | 1 | |
| ExpressionFile | 1 | |
| OperonGenePairFile | 1 | |
| OperonMergedFile | 1 |
04 Members
Normalize
规范化：补齐默认值、解析标签、确定线程数、判定 de novo 模式。
ConditionFiles
每个实验条件的读段文件列表（条件之间以空格分隔，条件内以逗号分隔，mate-pair 以 '%' 分隔）。
GenomeDirectories
参考基因组目录列表（每个目录含 .fna / .ptt / *.rnt）；为空表示 de novo 模式。
OutputDirectory
结果输出目录（默认 Rockhopper_Results/）。
BrowserDirectory
基因组浏览器文件子目录。
ComputeExpression
是否计算差异表达（CLI -e，默认 True）。
ComputeOperons
是否预测操纵子（CLI -y，默认 True）。
ComputeTranscripts
是否识别转录边界（UTR / ncRNA，CLI -t，默认 True）。
StopAfterOneHit
单个命中即返回（CLI -a，默认 True）。
NumThreads
处理器数量（CLI -p，默认自动检测）。
Unstranded
RNA-seq 是否为链非特异（CLI -s，默认 False 即链特异）。
Labels
条件标签（CLI -L）。
Verbose
verbose 输出（CLI -v，默认 False）。
OutputSAM
输出 SAM（CLI -SAM）。
Time
输出运行耗时（CLI -TIME）。
IsDeNovo
是否 de novo 模式（无 -g 时为 True）。
PercentMismatches
允许的错配比例（CLI -m，默认 0.15）。
PercentSeedLength
最小种子长度占读长比例（CLI -l，默认 0.33）。
SingleEndOrientationReverseComplement
单端读段反向互补（CLI -c，默认 False）。
PairedEndOrientation
双端方向（CLI -ff/-fr/-rf/-rr，默认 fr）。
MaxPairedEndLength
双端 mate 之间最大碱基数（CLI -d，默认 500）。
TranscriptSensitivity
UTR / ncRNA 的最小表达灵敏度 [0,1]（CLI -z，默认 0.5）。
K
k-mer 长度，范围 15–31（CLI -k，默认 25）。
MinReadLength
使用读段前所需的最小长度（CLI -j，默认 35）。
CapacityPower
k-mer 哈希表容量幂次 2^n（CLI -n，默认 25）。
MinReadsMapping
映射到 de novo 转录本所需的最少全长读段数（CLI -b，默认 20）。
MinTranscriptLength
de novo 转录本最小长度（CLI -u，默认 2k；0 表示取 2k）。
MinSeedExpression
作为转录本起点的 k-mer 最小计数（CLI -w，默认 50）。
MinExpression
延伸转录本所需的 k-mer 最小计数（CLI -x，默认 5）。
SummaryFile
ExpressionFile
OperonGenePairFile
OperonMergedFile