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基于读段覆盖分布的转录边界推断。
TSSsInference
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Transcription.TSSsInference
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| InferBoundaries | 1 | 推断单个基因组（replicon）上的全部转录本边界。 |
| fromGene | 1 | 由注释基因构造转录本模型。 |
| neighborLimits | 1 | 计算同一链上、位于该基因两侧且距离最近的基因边界。 用于把 UTR 搜索限制在基因间区内（两侧无基因间区时返回自身坐标，即不预测边界）。 |
| inferFivePrime | 1 | 5' 端（TSS）推断：自 ATG 向上游扩展，取平均覆盖度仍达阈值的最远位置。 |
| inferThreePrime | 1 | 3' 端（TTS）推断：自终止密码子向下游扩展，取平均覆盖度仍达阈值的最远位置。 |
| inferIntergenicTranscripts | 1 | 基因间区的新转录本：扫描未被注释覆盖、且平均覆盖度超过 ncRNA 阈值的连续区段。 |
| meanCoverage | 1 | 各重复在某个坐标上的平均覆盖度（跨全部条件/重复取平均）。 |
| avgCoverageOfGene | 1 | 落在一个基因体内、正向链覆盖度的平均值。 |
| averageThreshold | 1 | UTR 阈值：跨全部重复的 MinExpressionUTR 平均值。 |
| rnaThreshold | 1 | ncRNA 阈值：跨全部重复的 MinExpressionRNA 平均值。 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| MAX_UTR_LENGTH | 2 | UTR 搜索的最大长度（论文中长 5'UTR 可超过 300 bp）。 |
| MIN_INTERGENIC_LENGTH | 2 | 基因间区新转录本的最小长度。 |
04 Members
推断单个基因组（replicon）上的全部转录本边界。
Parameters
fromGene(Gene)
由注释基因构造转录本模型。
neighborLimits(
List(Of Gene), Int32, Int32)计算同一链上、位于该基因两侧且距离最近的基因边界。 用于把 UTR 搜索限制在基因间区内（两侧无基因间区时返回自身坐标，即不预测边界）。
5' 端（TSS）推断：自 ATG 向上游扩展，取平均覆盖度仍达阈值的最远位置。
3' 端（TTS）推断：自终止密码子向下游扩展，取平均覆盖度仍达阈值的最远位置。
基因间区的新转录本：扫描未被注释覆盖、且平均覆盖度超过 ncRNA 阈值的连续区段。
meanCoverage(
List(Of Condition), Int32, Int32, Int32, Char)各重复在某个坐标上的平均覆盖度（跨全部条件/重复取平均）。
落在一个基因体内、正向链覆盖度的平均值。
averageThreshold(
List(Of Condition))UTR 阈值：跨全部重复的 MinExpressionUTR 平均值。
rnaThreshold(
List(Of Condition), Char)ncRNA 阈值：跨全部重复的 MinExpressionRNA 平均值。
MAX_UTR_LENGTH
UTR 搜索的最大长度（论文中长 5'UTR 可超过 300 bp）。
MIN_INTERGENIC_LENGTH
基因间区新转录本的最小长度。
MAX_UTR_LENGTH
MIN_INTERGENIC_LENGTH