TSSsCategory

Full name SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Transcription.TSSsCategory Assembly SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper Members 4

TSS 位点分类器。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Transcription.TSSsCategory

02 Methods

Name	Overloads	Summary
Category	1	对单个 TSS 位点进行分类。
Putative_mRNA	1	在给定核酸序列中查找最长的开放阅读框（ATG...终止密码子）。等价于原实现中的 Putative_mRNA(Nt, ATG, TGA, ORF)。
GetCType	1	把字符串解析为 TssCategory（用于回读结果文件）。
ParseGeneType	1	把字符串解析为 GeneTypes。

03 Members

method Category #

Category(Int32, Int32, Int32, NucleotideLocation, Boolean, Boolean, String, PTT, Boolean, GeneBrief)

对单个 TSS 位点进行分类。

Parameters

Name	Type	Description
`tss`	`Int32`	转录起始位点。
`atg`	`Int32`	翻译起始位点（0 表示未知）。
`tga`	`Int32`	翻译终止位点（0 表示未知）。
`transcriptLoci`	`NucleotideLocation`	该转录本的基因组位点（用于与注释基因比较关系）。
`isRNA`	`Boolean`	该转录本是否为 RNA 类型（而非已注释的蛋白编码基因）。
`isSRNA`	`Boolean`	是否为小 RNA。
`synonym`	`String`	基因号 / locus_tag（可为 "putative mRNA"）。
`ptt`	`PTT`	注释表。
`putativeMRNA`	`Boolean`	是否已由外部 ORF 查找判定为假定 mRNA。
`relatedGene`	`GeneBrief`	输出：与之相关的注释基因。

method Putative_mRNA #

Putative_mRNA(String, Int32, Int32)

在给定核酸序列中查找最长的开放阅读框（ATG...终止密码子）。等价于原实现中的 Putative_mRNA(Nt, ATG, TGA, ORF)。

Parameters

Name	Type	Description
`sequence`	`String`	大写核酸序列。
`atg`	`Int32`	输出：ORF 的起始偏移（0-based，找不到为 -1）。
`tga`	`Int32`	输出：ORF 的终止偏移。

method GetCType #

GetCType(String)

把字符串解析为 TssCategory（用于回读结果文件）。

method ParseGeneType #

ParseGeneType(String)

把字符串解析为 GeneTypes。