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转录本（基因或预测得到的新转录本/RNA）。
Transcript
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Core.Transcript
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| GetLociStrand | 1 | 链方向枚举。 |
| GetTULoci | 1 | 转录单元（TSS..TTS）的基因组位点；缺失的位点回退到翻译坐标。 |
| GetORFLoci | 1 | 翻译区（ATG..TGA）的基因组位点。 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Name | 1 | 基因名。 |
| Synonym | 1 | 基因号 / locus_tag（预测得到的新 RNA 使用 "predicted RNA"）。 |
| Product | 1 | 产物描述。 |
| Strand | 1 | 所在链：'+' / '-'。 |
| TSSs | 1 | 转录起始位点（TSS）。 |
| ATG | 1 | 翻译起始位点（ATG）。 |
| TGA | 1 | 翻译终止位点（TGA）。 |
| TTSs | 1 | 转录终止位点（TTS）。 |
| Expression | 1 | 表达量（平均归一化表达）。 |
| QValue | 1 | 差异表达 q 值（未做差异分析时为 1.0）。 |
| IsPredicted | 1 | 是否为预测得到的新转录本（而非已有注释）。 |
| Replicon | 1 | 复制子名称（多 replicon 时用于定位）。 |
| IsORF | 1 | 是否蛋白编码（有 ATG/TGA 即为 ORF）。 |
| IsRNA | 1 | 是否为 RNA（没有翻译起止位点）。 |
| Leaderless | 1 | TSS 与 ATG 完全重合（leaderless 转录本）。 |
| Minus35BoxLoci | 1 | 35 区（TSS 上游约 60 bp 处）。 |
| TranscriptLength | 1 | 转录单元长度（TSS→TTS）。 |
| IsSRNA | 1 | 长度小于 150 nt 的 RNA 视为小 RNA。 |
04 Members
GetLociStrand
链方向枚举。
GetTULoci
转录单元（TSS..TTS）的基因组位点；缺失的位点回退到翻译坐标。
GetORFLoci
翻译区（ATG..TGA）的基因组位点。
Name
基因名。
Synonym
基因号 / locus_tag（预测得到的新 RNA 使用 "predicted RNA"）。
Product
产物描述。
Strand
所在链：'+' / '-'。
TSSs
转录起始位点（TSS）。
ATG
翻译起始位点（ATG）。
TGA
翻译终止位点（TGA）。
TTSs
转录终止位点（TTS）。
Expression
表达量（平均归一化表达）。
QValue
差异表达 q 值（未做差异分析时为 1.0）。
IsPredicted
是否为预测得到的新转录本（而非已有注释）。
Replicon
复制子名称（多 replicon 时用于定位）。
IsORF
是否蛋白编码（有 ATG/TGA 即为 ORF）。
IsRNA
是否为 RNA（没有翻译起止位点）。
Leaderless
TSS 与 ATG 完全重合（leaderless 转录本）。
Minus35BoxLoci
-35 区（TSS 上游约 60 bp 处）。
TranscriptLength
转录单元长度（TSS→TTS）。
IsSRNA
长度小于 150 nt 的 RNA 视为小 RNA。