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σ70 启动子验证。
Sigma70Validation
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Regulation.Sigma70Validation
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Validate | 1 | 对所有 TSS 结果进行 σ70 启动子打分。 |
| extractBox | 1 | 提取启动子 box 序列。正链直接取上游；负链取上游片段的反向互补。 |
| matchCount | 1 | 逐位匹配计数。 |
03 Fields
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| Consensus_Minus35 | 2 | 35 区共识序列。 |
| Consensus_Minus10 | 2 | 10 区共识序列。 |
| Offset_Minus35 | 2 | 35 区相对 TSS 的起点偏移（上游）。 |
| Offset_Minus10 | 2 | 10 区相对 TSS 的起点偏移（上游）。 |
04 Members
Validate(
String, IEnumerable(Of Transcript))对所有 TSS 结果进行 σ70 启动子打分。
Parameters
| Name | Type | Description |
|---|---|---|
genome | String | 1-indexed 的基因组序列（首位为占位字符，见 Genome.Sequence）。 |
transcripts | IEnumerable(Of Transcript) | 转录本（使用其 TSSs）。 |
extractBox(
String, Int32, Char, Int32, Int32)提取启动子 box 序列。正链直接取上游；负链取上游片段的反向互补。
matchCount(
String, String)逐位匹配计数。
Consensus_Minus35
-35 区共识序列。
Consensus_Minus10
-10 区共识序列。
Offset_Minus35
-35 区相对 TSS 的起点偏移（上游）。
Offset_Minus10
-10 区相对 TSS 的起点偏移（上游）。
Consensus_Minus35
Consensus_Minus10
Offset_Minus35
Offset_Minus10