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读段文件读取器。
ReadsReader
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.FileIO.ReadsReader
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| DetectFormat | 1 | 根据扩展名推断读段文件格式。 |
| ReadAll | 1 | 读取一个测序文件中的全部读段。 |
| CountReads | 1 | 统计读段文件中的读段数。 |
| parseQSeqLine | 1 | 解析 QSEQ 行（11 列 Tab 分隔，序号 8 为序列，10 为质量）。 |
| readSam | 1 | 解析 SAM 文本（跳过 @ 头行；QNAME=0, SEQ=9, QUAL=10）。 |
| readBam | 1 | 解析未压缩 BAM（BAM\1，非 BGZF 压缩）。 与框架 BamReader 的假设一致：可用 samtools view -u -h in.sam > uncompressed.bam 生成。 |
| readBamRecord | 1 | 读取一条 BAM 记录（含 block_size 之后的全部字节）。 |
| parseBamRecord | 1 | 解析 BAM 记录体：提取 read name、序列与质量。 记录体布局：refID(4) pos(4) bin_mq_nl(4) flag_nc(4) l_seq(4) next_refID(4) next_pos(4) tlen(4) read_name(l_read_name) cigar(4*n) seq(ceil(l_s… |
03 Members
DetectFormat(
String)根据扩展名推断读段文件格式。
ReadAll(
String, ReadFileFormat)读取一个测序文件中的全部读段。
CountReads(
String, ReadFileFormat)统计读段文件中的读段数。
parseQSeqLine(
String)解析 QSEQ 行（11 列 Tab 分隔，序号 8 为序列，10 为质量）。
readSam(
String)解析 SAM 文本（跳过 @ 头行；QNAME=0, SEQ=9, QUAL=10）。
readBam(
String)解析未压缩 BAM（BAM\1，非 BGZF 压缩）。 与框架 BamReader 的假设一致：可用 samtools view -u -h in.sam > uncompressed.bam 生成。
readBamRecord(
BinaryReader)读取一条 BAM 记录（含 block_size 之后的全部字节）。
parseBamRecord(
Byte())解析 BAM 记录体：提取 read name、序列与质量。 记录体布局：refID(4) pos(4) bin_mq_nl(4) flag_nc(4) l_seq(4) next_refID(4) next_pos(4) tlen(4) read_name(l_read_name) cigar(4*n) seq(ceil(l_seq/2)) qual(l_seq)