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一条 SAM 比对记录（字段名遵循 SAM 规范）。
SamRecord
01 Syntax
SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.FileIO.SamRecord
02 Methods
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| QNAME | 1 | Read name（QNAME）。 |
| FLAG | 1 | Bitwise FLAG。 |
| RNAME | 1 | Reference sequence name（RNAME，未比对为 "*"）。 |
| POS | 1 | 1-based leftmost mapping position（0 表示未比对）。 |
| MAPQ | 1 | Mapping quality（MAPQ，255 表示不可用）。 |
| CIGAR | 1 | CIGAR 字符串（未比对为 "*"）。 |
| RNEXT | 1 | Mate reference sequence name。 |
| PNEXT | 1 | Mate 的 1-based 位置。 |
| TLEN | 1 | Template length。 |
| SEQ | 1 | 序列（未比对为 "*"）。 |
| QUAL | 1 | 质量字符串（未比对为 "*"）。 |
| IsUnmapped | 1 | 是否未比对上参考序列。 |
| IsReverse | 1 | 是否比对到负链。 |
04 Members
Unmapped(
String, String, String)构造一条未比对记录（FLAG=4）。
ToString
转为 SAM 文本行（11 个必选列）。
QNAME
Read name（QNAME）。
FLAG
Bitwise FLAG。
RNAME
Reference sequence name（RNAME，未比对为 "*"）。
POS
1-based leftmost mapping position（0 表示未比对）。
MAPQ
Mapping quality（MAPQ，255 表示不可用）。
CIGAR
CIGAR 字符串（未比对为 "*"）。
RNEXT
Mate reference sequence name。
PNEXT
Mate 的 1-based 位置。
TLEN
Template length。
SEQ
序列（未比对为 "*"）。
QUAL
质量字符串（未比对为 "*"）。
IsUnmapped
是否未比对上参考序列。
IsReverse
是否比对到负链。