Quantification

Full name SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Quantification.Quantification Assembly SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper Members 5

表达定量流程：上四分位归一化、均值/RPKM 计算与差异表达检验。

01 Syntax

SMRUCC.genomics.SequenceModel.RNA_Seq.Rockhopper.Quantification.Quantification

02 Methods

Name	Overloads	Summary
ComputeUpperQuartiles	1	为每个条件的每个重复计算上四分位表达水平，并设置全局平均上四分位缩放因子。
SetNormalizedCounts	1	使用全局缩放因子与各重复的上四分位数计算归一化计数。
ComputeExpressions	1	计算每个基因在各条件下的均值与 RPKM。
ComputeDifferentialExpressions	1	计算每个基因在每对条件间的差异表达 p 值。
UpperQuartile	1	上四分位数（75% 分位，线性插值）。

03 Members

method ComputeUpperQuartiles #

ComputeUpperQuartiles(List(Of Genome), List(Of Condition))

为每个条件的每个重复计算上四分位表达水平，并设置全局平均上四分位缩放因子。

Parameters

Name	Type	Description
`genomes`	`List(Of Genome)`	全部基因组（其基因已通过 SetRawCount 填好原始计数）。
`conditions`	`List(Of Condition)`	全部实验条件。

method SetNormalizedCounts #

SetNormalizedCounts(List(Of Genome), List(Of Condition))

使用全局缩放因子与各重复的上四分位数计算归一化计数。

method ComputeExpressions #

ComputeExpressions(List(Of Genome), List(Of Condition))

计算每个基因在各条件下的均值与 RPKM。

method ComputeDifferentialExpressions #

ComputeDifferentialExpressions(List(Of Genome), List(Of Condition))

计算每个基因在每对条件间的差异表达 p 值。

method UpperQuartile #

UpperQuartile(IEnumerable(Of Int64))

上四分位数（75% 分位，线性插值）。

Remarks

复刻原始 Rockhopper 对 "75% most expressed gene" 的取值；数学实现下沉到 RNA-seq.Data 的 ExpressionNormalization.UpperQuartile()，便于其它 RNA-seq 流程复用。