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代表一个单独的比对块。
AlignmentBlock
01 Syntax
SMRUCC.genomics.Visualize.SyntenyVisualize.AlignmentBlock
02 Methods
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| ToString | 1 |
03 Properties
| Name | Overloads | Summary |
|---|---|---|
| RStart | 1 | 参考序列上的起始位置 (1-based inclusive)。 |
| REnd | 1 | 参考序列上的结束位置 (1-based inclusive)。 |
| QStart | 1 | 查询序列上的起始位置 (1-based inclusive)。 |
| QEnd | 1 | 查询序列上的结束位置 (1-based inclusive)。 |
| Errors | 1 | 比对区域内的错误总数 (错配 + 插入缺失)。 |
| Similarity | 1 | 比对区域内相似碱基的数量。 |
| Stop | 1 | 终止符，通常为 0。 |
| Deltas | 1 | 描述该比对区域内具体差异的整数列表。 |
| IsReverseComplement | 1 | 获取一个值，指示该比对是否为反向互补比对。 如果 QStart > QEnd，则为反向互补。 |
| ReferenceAlignmentLength | 1 | 获取参考序列上比对区域的长度。 |
| QueryAlignmentLength | 1 | 获取查询序列上比对区域的长度。 |
04 Members
RStart
参考序列上的起始位置 (1-based inclusive)。
REnd
参考序列上的结束位置 (1-based inclusive)。
QStart
查询序列上的起始位置 (1-based inclusive)。
QEnd
查询序列上的结束位置 (1-based inclusive)。
Errors
比对区域内的错误总数 (错配 + 插入缺失)。
Similarity
比对区域内相似碱基的数量。
Stop
终止符，通常为 0。
Deltas
描述该比对区域内具体差异的整数列表。
IsReverseComplement
获取一个值，指示该比对是否为反向互补比对。 如果 QStart > QEnd，则为反向互补。
ReferenceAlignmentLength
获取参考序列上比对区域的长度。
QueryAlignmentLength
获取查询序列上比对区域的长度。
ToString()